Derivation of the small-angle scattering profile of a target biomacromolecule from a profile deteriorated by aggregates. AUC–SAS

Bengtsen, T., Holm, V. L., Kjølbye, L. R., Midtgaard, S. R., Johansen,

N. T., Tesei, G., Bottaro, S., Schiøtt, B., Arleth, L. & LindorffLarsen, K. (2020). Elife, 9, e56518.

Bernado´, P., Shimizu, N., Zaccai, G., Kamikubo, H. & Sugiyama, M.

(2018). Biochim. Biophys. Acta, 1862, 253–274.

Brown, P. H. & Schuck, P. (2006). Biophys. J. 90, 4651–4661.

Bucciarelli, S., Midtgaard, S. R., Nors Pedersen, M., Skou, S., Arleth,

L. & Vestergaard, B. (2018). J. Appl. Cryst. 51, 1623–1632.

Bujacz, A. (2012). Acta Cryst. D68, 1278–1289.

Burchard, W. & Kajiwara, K. (1970). Proc. R. Soc. Lond. Ser. A, 316,

185–199.

David, G. & Pe´rez, J. (2009). J. Appl. Cryst. 42, 892–900.

Grant, T. D. (2018). Nat. Methods, 15, 191–193.

Gra¨wert, T. W. & Svergun, D. I. (2020). J. Mol. Biol. 432, 3078–3092.

Hirano, R., Arimura, Y., Kujirai, T., Shibata, M., Okuda, A.,

Morishima, K., Inoue, R., Sugiyama, M. & Kurumizaka, H.

(2021). Commun. Biol. 4, 191.

Inoue, R., Nakagawa, T., Morishima, K., Sato, N., Okuda, A., Urade,

R., Yogo, R., Yanaka, S., Yagi-Utsumi, M., Kato, K., Omoto, K., Ito,

K. & Sugiyama, M. (2019). Sci. Rep. 9, 12610.

Johansen, N. T., Pedersen, M. C., Porcar, L., Martel, A. & Arleth, L.

(2018). Acta Cryst. D74, 1178–1191.

Jordan, A., Jacques, M., Merrick, C., Devos, J., Forsyth, V. T., Porcar,

L. & Martel, A. (2016). J. Appl. Cryst. 49, 2015–2020.

Kline, S. R. (2006). J. Appl. Cryst. 39, 895–900.

Kotlarchyk, M. & Chen, S. H. (1983). J. Chem. Phys. 79, 2461–2469.

Kovalchuk, M. V., Boikova, A. S., Dyakova, Y. A., Ilina, K. B.,

Konarev, P. V., Kryukova, A. E., Marchenkova, M. A., Pisarevsky,

Y. V. & Timofeev, V. I. (2019). J. Biomol. Struct. Dyn. 37,

3058–3064.

Lampi, K. J., Amyx, K. K., Ahmann, P. & Steel, E. A. (2006).

Biochemistry, 45, 3146–3153.

Larsen, A. H., Pedersen, J. S. & Arleth, L. (2020). J. Appl. Cryst. 53,

991–1005.

Lebowitz, J., Lewis, M. S. & Schuck, P. (2002). Protein Sci. 11,

2067–2079.

632

Ken Morishima et al.

AUC–SAS

Mahieu, E. & Gabel, F. (2018). Acta Cryst. D74, 715–726.

Manalastas-Cantos, K., Konarev, P. V., Hajizadeh, N. R., Kikhney, A.

G., Petoukhov, M. V., Molodenskiy, D. S., Panjkovich, A., Mertens,

H. D. T., Gruzinov, A., Borges, C., Jeffries, C. M., Svergun, D. I. &

Franke, D. (2021). J. Appl. Cryst. 54, 343–355.

Matsumoto, A., Sugiyama, M., Li, Z., Martel, A., Porcar, L., Inoue,

R., Kato, D., Osakabe, A., Kurumizaka, H. & Kono, H. (2020).

Biophys. J. 118, 2209–2219.

Morishima, K., Okuda, A., Inoue, R., Sato, N., Miyamoto, Y., Urade,

R., Yagi-Utsumi, M., Kato, K., Hirano, R., Kujirai, T., Kurumizaka,

H. & Sugiyama, M. (2020). Commun. Biol. 3, 294.

Okuda, A., Shimizu, M., Morishima, K., Inoue, R., Sato, N., Urade, R.

& Sugiyama, M. (2021). Sci. Rep. 11, 5655.

Orthaber, D., Bergmann, A. & Glatter, O. (2000). J. Appl. Cryst. 33,

218–225.

Perkins, S. J. (2001). Biophys. Chem. 93, 129–139.

Perrin, F. (1934). J. Phys. Radium, 5, 497.

Petoukhov, M. V., Franke, D., Shkumatov, A. V., Tria, G., Kikhney, A.

G., Gajda, M., Gorba, C., Mertens, H. D. T., Konarev, P. V. &

Svergun, D. I. (2012). J. Appl. Cryst. 45, 342–350.

Pierce, B. G., Wiehe, K., Hwang, H., Kim, B.-H., Vreven, T. & Weng,

Z. (2014). Bioinformatics, 30, 1771–1773.

Russo, C. J. & Passmore, L. A. (2014). Science, 346, 1377–1380.

Ryan, T. M., Trewhella, J., Murphy, J. M., Keown, J. R., Casey, L.,

Pearce, F. G., Goldstone, D. C., Chen, K., Luo, Z., Kobe, B.,

McDevitt, C. A., Watkin, S. A., Hawley, A. M., Mudie, S. T.,

Samardzic Boban, V. & Kirby, N. (2018). J. Appl. Cryst. 51, 97–111.

Sato, N., Yogo, R., Yanaka, S., Martel, A., Porcar, L., Morishima, K.,

Inoue, R., Tominaga, T., Arimori, T., Takagi, J., Sugiyama, M. &

Kato, K. (2021). J. Biochem. 169, 701–708.

Schuck, P. (2000). Biophys. J. 78, 1606–1619.

Shibayama, M., Nagao, M., Okabe, S. & Karino, T. (2005). J. Phys.

Soc. Jpn, 74, 2728–2736.

Shimizu, M., Okuda, A., Morishima, K., Inoue, R., Sato, N., Yunoki,

Y., Urade, R. & Sugiyama, M. (2022). Sci. Rep. 12, 9970.

Shimizu, N., Yatabe, K., Nagatani, Y., Saijyo, S., Kosuge, T. & Igarashi,

N. (2016). AIP Conf. Proc. 1741, 050017.

Svergun, D. I. & Koch, M. H. (2003). Rep. Prog. Phys. 66, 1735–1782.

Yunoki, Y., Matsumoto, A., Morishima, K., Martel, A., Porcar, L.,

Sato, N., Yogo, R., Tominaga, T., Inoue, R., Yagi-Utsumi, M.,

Okuda, A., Shimizu, M., Urade, R., Terauchi, K., Kono, H., Yagi,

H., Kato, K. & Sugiyama, M. (2022). Commun. Biol. 5, 184.

J. Appl. Cryst. (2023). 56, 624–632

...