Abraham, M. J., Murtola, T., Schulz, R., Pa´ll, S., Smith, J. C., Hess, B. & Lindahl, E. (2015). SoftwareX, 1–2, 19–25.
Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Echols, N., Headd, J. J., Moriarty, N. W., Mustyakimov, M., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A., Zwart, P. H. & Adams, P. D. (2012). Acta Cryst. D68, 352–367. Akiyama, K., Mizuno, S., Hizukuri, Y., Mori, H., Nogi, T. & Akiyama,
Y. (2015). eLife, 4, e08928.
Akiyama, Y., Kanehara, K. & Ito, K. (2004). EMBO J. 23, 4434–4442.
Alba, B. M., Leeds, J. A., Onufryk, C., Lu, C. Z. & Gross, C. A. (2002). Genes Dev. 16, 2156–2168.
Boisset, N., Penczek, P., Taveau, J.-C., Lamy, J., Frank, J. & Lamy, J. (1995). J. Struct. Biol. 115, 16–29.
Boisset, N., Radermacher, M., Grassucci, R., Taveau, J.-C., Liu, W., Lamy, J., Frank, J. & Lamy, J. N. (1993). J. Struct. Biol. 111, 234–244. Chen, V. B., Arendall, W. B., Headd, J. J., Keedy, D. A., Immormino,
R. M., Kapral, G. J., Murray, L. W., Richardson, J. S. & Richardson, D. C. (2010). Acta Cryst. D66, 12–21.
Coleman, J. A., Yang, D., Zhao, Z., Wen, P. C., Yoshioka, C., Tajkhorshid, E. & Gouaux, E. (2019). Nature, 569, 141–145.
Day, P. W., Rasmussen, S. G. F., Parnot, C., Fung, J. J., Masood, A., Kobilka, T. S., Yao, X.-J., Choi, H.-J., Weis, W. I., Rohrer, D. K. & Kobilka, B. K. (2007). Nat. Methods, 4, 927–929.
Deckert, G., Warren, P. V., Gaasterland, T., Young, W. G., Lenox, A. L., Graham, D. E., Overbeek, R., Snead, M. A., Keller, M., Aujay, M., Huber, R., Feldman, R. A., Short, J. M., Olsen, G. J. & Swanson, R. V. (1998). Nature, 392, 353–358.
Dolinsky, T. J., Nielsen, J. E., McCammon, J. A. & Baker, N. A. (2004). Nucleic Acids Res. 32, W665–W667.
Emsley, P., Lohkamp, B., Scott, W. G. & Cowtan, K. (2010). Acta Cryst. D66, 486–501.
Essmann, U., Perera, L., Berkowitz, M. L., Darden, T., Lee, H. & Pedersen, L. G. (1995). J. Chem. Phys. 103, 8577–8593.
Evans, P. R. & Murshudov, G. N. (2013). Acta Cryst. D69, 1204–1214. Feig, M., Karanicolas, J. & Brooks, C. L. (2004). J. Mol. Graph. Model. 22, 377–395.
Fujii, Y., Kaneko, M., Neyazaki, M., Nogi, T., Kato, Y. & Takagi, J. (2014). Protein Expr. Purif. 95, 240–247.
Fujii, Y., Matsunaga, Y., Arimori, T., Kitago, Y., Ogasawara, S., Kaneko, M. K., Kato, Y. & Takagi, J. (2016). J. Cell Sci. 129, 1512– 1522.
Hess, B. (2008). J. Chem. Theory Comput. 4, 116–122.
Hino, T., Iwata, S. & Murata, T. (2013). Curr. Opin. Struct. Biol. 23, 563–568.
Hizukuri, Y., Akiyama, K. & Akiyama, Y. (2017). Methods Enzymol. 584, 1–33.
Hizukuri, Y. & Akiyama, Y. (2012). Mol. Microbiol. 86, 1232–1245. Hizukuri, Y., Oda, T., Tabata, S., Tamura-Kawakami, K., Oi, R., Sato,
M., Takagi, J., Akiyama, Y. & Nogi, T. (2014). Structure, 22, 326– 336.
Hoover, W. G. (1985). Phys. Rev. A, 31, 1695–1697.
Huang, J., Rauscher, S., Nawrocki, G., Ran, T., Feig, M., de Groot, B. L., Grubmu¨ ller, H. & MacKerell, A. D. Jr (2017). Nat. Methods, 14, 71–73.
Hunte, C. & Michel, H. (2002). Curr. Opin. Struct. Biol. 12, 503–508. Jo, S., Kim, T., Iyer, V. G. & Im, W. (2008). J. Comput. Chem. 29, 1859–1865.
Jorgensen, W. L., Chandrasekhar, J., Madura, J. D., Impey, R. W. & Klein, M. L. (1983). J. Chem. Phys. 79, 926–935.
Kabsch, W. (1976). Acta Cryst. A32, 922–923. Kabsch, W. (2010). Acta Cryst. D66, 125–132.
Kanehara, K., Akiyama, Y. & Ito, K. (2001). Gene, 281, 71–79. Kanehara, K., Ito, K. & Akiyama, Y. (2002). Genes Dev. 16, 2147–2155.
Kato, Y., Kaneko, M. K., Kuno, A., Uchiyama, N., Amano, K., Chiba, Y., Hasegawa, Y., Hirabayashi, J., Narimatsu, H., Mishima, K. & Osawa, M. (2006). Biochem. Biophys. Res. Commun. 349, 1301–1307.
Kim, J., Tan, Y. Z., Wicht, K. J., Erramilli, S. K., Dhingra, S. K., Okombo, J., Vendome, J., Hagenah, L. M., Giacometti, S. I., Warren, A. L., Nosol, K., Roepe, P. D., Potter, C. S., Carragher, B., Kossiakoff, A. A., Quick, M., Fidock, D. A. & Mancia, F. (2019). Nature, 576, 315–320.
Koide, S. (2009). Curr. Opin. Struct. Biol. 19, 449–457.
Ku¨ hlbrandt, W. (2014). Science, 343, 1443–1444.
Lee, J., Cheng, X., Swails, J. M., Yeom, M. S., Eastman, P. K., Lemkul, J. A., Wei, S., Buckner, J., Jeong, J. C., Qi, Y., Jo, S., Pande, V. S., Case, D. A., Brooks, C. L., MacKerell, A. D. Jr, Klauda, J. B. & Im, W. (2016). J. Chem. Theory Comput. 12, 405–413.
MacKerell, A. D. Jr, Bashford, D., Bellott, M., Dunbrack, R. L., Evanseck, J. D., Field, M. J., Fischer, S., Gao, J., Guo, H., Ha, S., Joseph-McCarthy, D., Kuchnir, L., Kuczera, K., Lau, F. T., Mattos, C., Michnick, S., Ngo, T., Nguyen, D. T., Prodhom, B., Reiher, W. E., Roux, B., Schlenkrich, M., Smith, J. C., Stote, R., Straub, J., Watanabe, M., Wio´rkiewicz-Kuczera, J., Yin, D. & Karplus, M. (1998). J. Phys. Chem. B, 102, 3586–3616.
MacKerell, A. D. Jr, Feig, M. & Brooks, C. L. (2004). J. Am. Chem. Soc. 126, 698–699.
Miller, J. H. (1972). Experiments in Molecular Genetics. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Miyagi, H., Asada, H., Suzuki, M., Takahashi, Y., Yasunaga, M., Suno, C., Iwata, S. & Saito, J. I. (2020). Sci. Rep. 10, 11669.
Miyake, T., Hizukuri, Y. & Akiyama, Y. (2020). Front. Microbiol. 11, 607381.
Mukherjee, S., Erramilli, S. K., Ammirati, M., Alvarez, F. J. D., Fennell, K. F., Purdy, M. D., Skrobek, B. M., Radziwon, K., Coukos, J., Kang, Y., Dutka, P., Gao, X., Qiu, X., Yeager, M., Xu, H. E., Han, S. & Kossiakoff, A. A. (2020). Nat. Commun. 11, 1598. Nose´, S. (1984). Mol. Phys. 52, 255–268.
Nose´, S. & Klein, M. L. (1983). Mol. Phys. 50, 1055–1076.
Olsson, M. H., Søndergaard, C. R., Rostkowski, M. & Jensen, J. H. (2011). J. Chem. Theory Comput. 7, 525–537.
Ostermeier, C., Iwata, S., Ludwig, B. & Michel, H. (1995). Nat. Struct. Mol. Biol. 2, 842–846.
Parrinello, M. & Rahman, A. (1981). J. Appl. Phys. 52, 7182–7190. Pettersen, E. F., Goddard, T. D., Huang, C. C., Couch, G. S., Greenblatt, D. M., Meng, E. C. & Ferrin, T. E. (2004). J. Comput. Chem. 25, 1605–1612.
Pronk, S., Pa´ll, S., Schulz, R., Larsson, P., Bjelkmar, P., Apostolov, R., Shirts, M. R., Smith, J. C., Kasson, P. M., van der Spoel, D., Hess, B. & Lindahl, E. (2013). Bioinformatics, 29, 845–854.
Rasmussen, S. G. F., Choi, H.-J., Rosenbaum, D. M., Kobilka, T. S., Thian, F. S., Edwards, P. C., Burghammer, M., Ratnala, V. R. P., Sanishvili, R., Fischetti, R. F., Schertler, G. F. X., Weis, W. I. & Kobilka, B. K. (2007). Nature, 450, 383–387.
Rubinstein, J. L. (2007). Methods, 41, 409–416.
Sˇali, A. & Blundell, T. L. (1993). J. Mol. Biol. 234, 779–815.
Søndergaard, C. R., Olsson, M. H., Rostkowski, M. & Jensen, J. H. (2011). J. Chem. Theory Comput. 7, 2284–2295.
Tamura, R., Oi, R., Akashi, S., Kaneko, M. K., Kato, Y. & Nogi, T. (2019). Protein Sci. 28, 823–836.
Vagin, A. & Teplyakov, A. (2010). Acta Cryst. D66, 22–25.
Winn, M. D., Ballard, C. C., Cowtan, K. D., Dodson, E. J., Emsley, P., Evans, P. R., Keegan, R. M., Krissinel, E. B., Leslie, A. G. W., McCoy, A., McNicholas, S. J., Murshudov, G. N., Pannu, N. S., Potterton, E. A., Powell, H. R., Read, R. J., Vagin, A. & Wilson, K. S. (2011). Acta Cryst. D67, 235–242.
Wu, S., Avila-Sakar, A., Kim, J., Booth, D. S., Greenberg, C. H., Rossi, A., Liao, M., Li, X., Alian, A., Griner, S. L., Juge, N., Yu, Y., Mergel, C. M., Chaparro-Riggers, J., Strop, P., Tampe´, R., Edwards, R. H., Stroud, R. M., Craik, C. S. & Cheng, Y. (2012). Structure, 20, 582– 592.
Zhang, K. (2016). J. Struct. Biol. 193, 1–12.
Zheng, S. Q., Palovcak, E., Armache, J.-P., Verba, K. A., Cheng, Y. & Agard, D. A. (2017). Nat. Methods, 14, 331–332.
Zhou, Y., Morais-Cabral, J. H., Kaufman, A. & MacKinnon, R. (2001). Nature, 414, 43–48.
Zivanov, J., Nakane, T., Forsberg, B. O., Kimanius, D., Hagen, W. J., Lindahl, E. & Scheres, S. H. W. (2018). eLife, 7, e42166.