Chapter1
[1] J. A. Bearden, A. F. Burr, Rev. Mod. Phys. 39 (1967) 125.
[2] T. Tokushima, Y. Harada, H. Ohashi, Y. Senba, S. Shin, Rev. Sci. Instrum. 77 (2006) 063107.
[3] T. Tokushima, Y. Harada, O. Takahashi, Y. Senba, H. Ohashi, L.G.M. Pettersson, A. Nilsson, S. Shin, Chem. Phys. Lett. 460 (2008) 387.
[4] J. Stöhr, NEXAFS spectroscopy, Springer Verlag Berlin Heidelberg 1992, 1996.
[5] J. Nordgren, G. Bray, S. Cramm, R. Nyholm, J. E. Rubensson, N. Wassdahl, Rev. Sci. Instrum. 60 (1989) 1690.
[6] Y. Horikawa, T. Tokushima, Y. Harada, O. Takahashi, A. Chainani, Y. Senba, H. Ohashi, A. Hiraya, S. Shin, Phys. Chem. Chem. Phys. 11 (2009) 8676.
[7] T. Tokushima, Y. Horikawa, Y. Harada, O. Takahashi, A. Hiraya, S. Shin, Phys. Chem. Chem. Phys. 11 (2009) 1679.
[8] A. J. Eugene, E. A. Pillar, A. J. Colussi, M. I. Guzman, Langmuir 34 (2018) 9307.
[9] E. G. Schnitzler, C. Badran, W. Jäger, J. Phys. Chem. Lett. 7 (2016) 1143.
[10] H. J. Maria, S. P. McGlynn, J. Mol. Spectrosc. 42 (1972) 177.
[11] S. E. Cabaniss, J.A. Leenheer, I. F. McVey, Spectrochim. Acta, Part A 54 (1998) 449.
[12] K. Ito, H. J. Bernstein, Can. J. Chem. 34 (2011) 170.
[13] M. Darvas, S. Picaud, P. Jedlovszky, Phys. Chem. Chem. Phys. 13 (2011) 19830.
[14] B.C. Stace, C. Oralratmanee, J. Mol. Struct. 18 (1973) 339.
[15] E. Maçôas, R. Fausto, M. Pettersson, L. Khriachtchev, M. Rasanen, J. Phys. Chem. A 104 (2000) 6956.
[16] C. Chen, S. F. Shyu, Int. J. Quantum Chem. 76 (2000) 541.
[17] A. Mohajeri, N. Shakerin, J. Mol. Struct. THEOCHEM 711 (2004) 167.
[18] M. Remko, K. R. Liedl, B. M. Rode, Journal of the Chemical Society, Perkin Transactions, Perkin Transactions 2 (1996) 1743.
[19] G. L. Hou, M. Valiev, X. B. Wang, J. Phys. Chem. A 120 (2016) 2342.
[20] D. G. Kuroda, R. M. Hochstrasser, Phys. Chem. Chem. Phys. 14 (2012) 6219.
[21] O. Kroutil, B. Minofar, M. Kabelac, J. Mol. Model. 22 (2016) 210.
[22] J. M. Hermida-Ramón, E. M. Cabaleiro-Lago, J. Rodrıǵ uez-Otero, Chemical Physics 302 (2004) 53.
[23] D. Y. Naumov, N. V. Podberezskaya, E. V. Boldyreva, A. V. Virovets, Chem. Phys. 37 (1996) 480.
[24] M. Weisser, W. Weyrich, Z. Naturforsch., A: Phys. Sci. 48 (1993) 1.
[25] V. Mohaček‐Grošev, J. Grdadolnik, J. Stare, D. Hadži, J. Raman Spectrosc. 40 (2009) 1605.
[26] P. D. Godfrey, M. J. Mirabella, R. D. Brown, J. Phys. Chem. A 104 (2000) 258.
[27] K. H. Weber, F.J. Morales, F. M. Tao, J. Phys. Chem. A 116 (2012) 11601.
[28] A. Lautié, Y. Belabbes, Spectrochim. Acta, Part A 52 (1996) 1903.
[29] P. A. W. Dean, J. Chem. Educ. 89 (2012) 417.
[30] R. J. Clark, S. Firth. Spectrochim. Acta, Part A 58 (2002) 1731
[31] G. Buemi, J. Phys. Org. Chem. 22 (2009) 933.
[32] P. Gallo, K. Arnann-Winkel, C. A. Angell, M. A. Anisimov, F. Caupin, C. Chakravarty, E. Lascaris, T. Loerting, A. Z. Panagiotopoulos, J. Russo, J. A. Sellberg, H. E. Stanley, H. Tanaka, C. Vega, L. M. Xu, L. G. M. Pettersson, Chem. Rev. 116 (2016) 7463.
[33] W. C. Röntgen, Ann. Phys. 281 (1892) 91.
[34] P. Wernet, D. Nordlund, U. Bergmann, M. Cavalleri, M. Odelius, H. Ogasawara, L. A. Naslund, T.K. Hirsch, L. Ojamae, P. Glatzel, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, Science 304 (2004) 995.
[35] A. Nilsson, L. G. M. Pettersson, Nat. Commun. 6 (2015).
[36] P. H. Handle, T. Loerting, F. Sciortino, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 114 (2017) 13336.
[37] J. D. Bernal, R. H. Fowler, J. Chem. Phys. 1 (1933) 515.
[38] L. J. William, C. Jayaraman, D. M. Jeffry, W. I. Roger, L.K. Michael, J. Chem. Phys. 79 (1983) 926.
[39] R. A. Marcus, J. Chem. Phys. 24 (1956) 966.
[40] G. C. Pimentel, A. L. McClellan, The Hydrogen Bond, Freeman, San Francisco, 1960.
[41] G. N. I. Clark, C. D. Cappa, J. D. Smith, R. J. Saykally, T. HeadGordon, Mol. Phys. 108 (2010) 1415.
[42] O. Fuchs, M. Zharnikov, L. Weinhardt, M. Blum, M. Weigand, Y. Zubavichus, M. Bar, F. Maier, J.D. Denlinger, C. Heske, M. Grunze, E. Umbach, Phys. Rev. Lett. 100 (2008) 027801.
[43] K. Yamazoe, J. Miyawaki, H. Niwa, A. Nilsson, Y. Harada, J. Chem. Phys. 150 (2019) 204201.
[44] A. Nilsson, D. Nordlund, I. Waluyo, N. Huang, H. Ogasawara, S. Kaya, U. Bergmann, L. A. Naslund, H. Ostrom, P. Wernet, K. J. Andersson, T. Schiros, L. G. M. Pettersson, J. Electron. Spectrosc. Relat. Phenom. 177 (2010) 99.
[45] J. A. Sellberg, S. Kaya, V. H. Segtnan, C. Chen, T. Tyliszczak, H. Ogasawara, D. Nordlund, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, J. Chem. Phys. 141 (2014).
[46] T. Tokushima, Y. Horikawa, H. Arai, Y. Harada, O. Takahashi, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, S. Shin, J. Chem. Phys. 136 (2012) 044517.
[47] V. d. C. Vinícius, F. Gel’mukhanov, S. Eckert, M. Iannuzzi, E. Ertan, A. Pietzsch, R.C. Couto, J. Niskanen, M. Fondell, M. Dantz, T. Schmitt, X. Lu, D. McNally, R.M. Jay, V. Kimberg, A. Föhlisch, M. Odelius, Nat. Commun. 10 (2019) 1013.
[48] V. d. C. Vinícius, I. Nina, C. C. Rafael, A. F. Daniil, R. R. Dirk, S. Viktoriia, N. Patrick, Å. Hans, P. Sergey, N. Johannes, E. Sebastian, M.J. Raphael, F. Mattis, S. Thorsten, P. Annette, F. Alexander, G.m. Faris, O. Michael, K. Victor, J. Chem. Phys. 150 (2019) 234301.
[49] I. Zhovtobriukh, N.A. Besley, T. Fransson, A. Nilsson, L.G.M. Pettersson, J. Chem. Phys. 148 (2018) 144507.
[50] R. Shi, H. Tanaka, J. Am. Chem. Soc. 142 (2020) 2868.
[51] V.W.D. Cruzeiro, A. Wildman, X. Li, F. Paesani, J. Phys. Chem. Lett. 12 (2021) 3996.
[52] A. P. Zeke, H. T. Ward, J. Chem. Phys. 152 (2020) 011102.
[53] Y. Marechal, The hydrogen bond and the water molecule: The physics and chemistry of water, aqueous and bio-media, Elsevier, 2006.
[54] A. Vrhovsek, O. Gereben, A. Jamnik, L. Pusztai, J. Phys. Chem. B 115 (2011) 13473.
[55] T. A. Dolenko, S. A. Burikov, S. A. Dolenko, A. O. Efitorov, I. V. Plastinin, V. I. Yuzhakov, S. V. Patsaeva, J. Phys. Chem. A 119 (2015) 10806.
[56] I. A. Finneran, P. B. Carroll, M. A. Allodi, G. A. Blake, Phys. Chem. Chem. Phys. 17 (2015) 24210.
[57] F. Li, Z. Men, S. Li, S. Wang, Z. Li, C. Sun, Spectrochim. Acta, Part A 189 (2018) 621.
[58] A.H. Narten, A. Habenschuss, J. Chem. Phys. 80 (1984) 3387.
[59] C.J. Benmore, Y. L. Loh, J. Chem. Phys. 112 (2000) 5877.
[60] R. Ghanghas, A. Jindal, S. Vasudevan, J. Phys. Chem. B 124 (2020) 662.
[61] R. K. Lam, J. W. Smith, R. J. Saykally, J. Chem. Phys. 144 (2016) 191103.
[62] O. Takahashi, M. P. Ljungberg, L. G. M. Pettersson, J. Phys. Chem. B 121 (2017) 11163.
[63] M. P. Ljungberg, I. Zhovtobriukh, O. Takahashi, L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys. 146 (2017) 134506.
Chapter2
[1] H. Ohashi, Y. Senba, H. Kishimoto, T. Miura, E. Ishiguro, T. Takeuchi, M. Oura, K. Shirasawa, T. Tanaka, M. Takeuchi, AIP Conf. Proc. 879 (2007) 523.
[2] Y. Senba, H. Ohashi, H. Kishimoto, T. Miura, S. Goto, S. Shin, T. Shintake, T. Ishikawa, AIP Conf. Proc. 879 (2007) 718.
[3] S. Yamamoto, Y. Senba, T. Tanaka, H. Ohashi, T. Hirono, H. Kimura, M. Fujisawa, J. Miyawaki, A. Harasawa, T. Seike, S. Takahashi, N. Nariyama, T. Matsushita, M. Takeuchi, T. Ohata, Y. Furukawa, K. Takeshita, S. Goto, Y. Harada, S. Shin, H. Kitamura, A. Kakizaki, M. Oshima, I. Matsuda, J. Synchrotron Radiat. 21 (2014) 352.
[4] Y. Harada, M. Kobayashi, H. Niwa, Y. Senba, H. Ohashi, T. Tokushima, Y. Horikawa, S. Shin, M. Oshima, Rev. Sci. Instrum. 83 (2012) 013116.
[5] A. D. Becke, J. Chem. Phys 98 (1993) 5648.
[6] T. Clark, J. Chandrasekhar, G. W. Spitznagel, P. V. R. Schleyer, J Comput. Chem 4 (1983) 294.
[7] P. J. Hay, J. Chem. Phys. 66 (1977) 4377.
[8] A. J. H. Wachters, J. Chem. Phys. 52 (1970) 1033.
[9] K. Raghavachari, G. W. Trucks, J. Chem. Phys. 91 (1989) 1062.
[10] M. Cossi, V. Barone, B. Mennucci, J. Tomasi, Chem. Phys. Lett. 286 (1998) 253.
[11] B. Mennucci, E. Cances, J. Tomasi, J. Phys. Chem. B 101 (1997) 10506.
[12] E. Cances , J. Tomasi, B. Mennucc, J. Chem. Phys 107 (1997) 3032.
[13] M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M.A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, X. Li, M. Caricato, A. Marenich, J. Bloino, B. G. Janesko, R. Gomperts, B. Mennucci, H. P. Hratchian, J. V. Ortiz, A. F. Izmaylov, J. L. Sonnenberg, D. Williams-Young, F. Ding, F. Lipparini, F. Egidi, J. Goings, B. Peng, A. Petrone, T. Henderson, D. Ranasinghe, V. G. Zakrzewski, J. Gao, N. Rega, G. Zheng, W. Liang, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, K. Throssell, J. A. Montgomery, Jr., J.E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J.J. Heyd, E. Brothers, K.N. Kudin, V.N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, J. M. Millam, M. Klene, C. Adamo, R. Cammi, J.W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, O. Farkas, J. B. Foresman, D. J. Fox, Gaussian 09, Revision A.02. Gaussian, Inc., Wallingford CT.
[14] G. Kresse, J. Furthmüller, Comput. Mater. Sci 6 (1996) 15.
[15] G. Kresse, J. Furthmüller, Phys. Rev. B 54 (1996) 11169.
[16] S. Nosé, J. Chem. Phys. 81 (1984) 511.
[17] W. G. Hoover, Phys. Rev. A 31 (1985) 1695.
[18] Y. Iwasawa, Handbook of Chemistry: Pure Chemistry, 5th ed, 2003.
[19] P. E. Blöchl, Phys. Rev. 50 (1994) 17953.
[20] G. Kresse, D. Joubert, Phys. Rev. B 59 (1999) 1758.
[21] J. P. Perdew, K. Burke, M. Ernzerhof, Phys. Rev. Lett. 78 (1997) 1396.
[22] J. P. Perdew, K. Burke, M. Ernzerhof, Phys. Rev. Lett. 77 (1996) 3865.
[23] W. Kutzelnigg, U. Fleischer, M. Schindler, NMR-Basic Principles and Progress, Springer-Verlag, Heidelberg, 1990.
[24] G. Igel-Mann, H. Stoll, H. Preuss, Mol. Phys. 65 (1988) 1321.
[25] N. Godbout, D.R. Salahub, J. Andzelm, E. Wimmer, Can. J. Chem. 70 (1992) 560.
[26] A. M. Köster, G. Geudtner, A. Alvarez-Ibarra, P. Calaminici, M. E. Casida, J. Carmona-Espindola, V. D. Domínguez-Soria, R. FloresMoreno, G. U. Gamboa, A. Goursot, T. Heine, A. Ipatov, A. de la Lande, F. Janetzko, J. M. del Campo, D. Mejia-Rodriguez, J.U. Reveles, J. Vasquez-Perez, A. Vela, B. Zúñinga-Gutierrez, D. R. Salahub, deMon2k, The deMon developers, 2018.
[27] R. Sankari, M. Ehara, H. Nakatsuji, Y. Senba, K. Hosokawa, H. Yoshida, A. De Fanis, Y. Tamenori, S. Aksela, K. Ueda, Chem. Phys. Lett. 380 (2003) 647.
[28] M.J. Abraham, T. Murtola, R. Schulz, S. Páll, J. C. Smith, B. Hess, E. Lindahl, SoftwareX 1-2 (2015) 19.
[29] W. L. Jorgensen, J. Tirado-Rives, J. Am. Chem. Soc. 110 (1988) 1657.
[30] M.P. Ljungberg, I. Zhovtobriukh, O. Takahashi, L.G.M. Pettersson, J. Chem. Phys. 146 (2017) 134506.
[31] O. Takahashi, M. P. Ljungberg, L. G. M. Pettersson, J. Phys. Chem. B 121 (2017) 11163.
[32] M. P. Ljungberg, A. Nilsson, L. G. M. Pettersson, Phys. Rev. B 82 (2010) 245115.
[33] L. G. M. Pettersson, O. Takahashi, Theor. Chem. Acc. 140 (2021) 162.
[34] R. Kumar, J. R. Schmidt, J.L. Skinner, J. Chem. Phys. 126 (2007) 204107.
[35] R. H. Henchman, S. J. Irudayam, J. Phys. Chem. B 114 (2010) 16792.
[36] J. Lehtola, M. Hakala, K. Hämäläinen, J. Phys. Chem. B 114 (2010) 6426.
[37] P. Wernet, D. Nordlund, U. Bergmann, M. Cavalleri, M. Odelius, H. Ogasawara, L. A. Naslund, T. K. Hirsch, L. Ojamae, P. Glatzel, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, Science 304 (2004) 995.
[38] A. A. Hagberg, D. A. Schult, P. J. Swart, the 7th Python in Science Conference (SciPy2008), Pasadena, CA, USA, 2008, p. 11
[39] W. H. Hans, C. S. William, W.P. Jed, D. M. Jeffry, J. D. Thomas, L. H. Greg, H. G. Teresa, J. Chem. Phys. 120 (2004) 9665.
Chapter3
[1] Y. Horikawa, T. Tokushima, O. Takahashi, Y. Harada, A. Hiraya, S. Shin, Phys. Chem. Chem. Phys. 20 (2018) 23214.
[2] Y. Horikawa, T. Tokushima, Y. Harada, O. Takahashi, A. Chainani, Y. Senba, H. Ohashi, A. Hiraya, S. Shin, Phys. Chem. Chem. Phys. 11 (2009) 8676.
[3] Y. Horikawa, T. Tokushima, A. Hiraya, S. Shin, Phys Chem Chem Phys 12 (2010) 9165.
[4] T. Tokushima, Y. Horikawa, Y. Harada, O. Takahashi, A. Hiraya, S. Shin, Phys. Chem. Chem. Phys. 11 (2009) 1679.
[5] N. Nishida, T. Tokushima, O. Takahashi, Chem. Phys. Lett. 649 (2016) 156.
[6] N. Nishida, S. Kanai, T. Tokushima, Y. Horikawa, O. Takahashi, Chemical Physics Letters 640 (2015) 55.
[7] B. M. Messer, C. D. Cappa, J. D. Smith, K. R. Wilson, M. K. Gilles, R. C. Cohen, R. J. Saykally, The Journal of Physical Chemistry B 109 (2005) 5375.
[8] G. Buemi, J. Phys. Org. Chem. 22 (2009) 933.
[9] K. H. Weber, F.J. Morales, F. M. Tao, J Phys. Chem. A 116 (2012) 11601.
[10] O. Kroutil, B. Minofar, M. Kabelac, J. Mol. Model. 22 (2016) 210.
[11] H. J. Maria, S. P. McGlynn, J. Mol. Spectrosc. 42 (1972) 177.
[12] D. G. Kuroda, R. M. Hochstrasser, Phys. Chem. Chem. Phys. 14 (2012) 6219.
[13] D. R. Lide, CRC handbook of chemistry and physics, 2005.
Chapter4
[1] A. Turanov, A. K. Khitrin, Ind. Eng. Chem. Res. 55 (2016) 9952.
[2] R. Ghanghas, A. Jindal, S. Vasudevan, J. Phys. Chem. B 124 (2020) 662.
[3] P. G. Jönsson, Acta Cryst. B 32 (1976) 232.
[4] A. Vrhovsek, O. Gereben, A. Jamnik, L. Pusztai, J. Phys. Chem. B 115 (2011) 13473.
[5] A.H. Narten, A. Habenschuss, J. Chem. Phys. 80 (1984) 3387.
[6] I. A. Finneran, P. B. Carroll, M. A. Allodi, G. A. Blake, Phys. Chem. Chem. Phys. 17 (2015) 24210.
[7] T. A. Dolenko, S. A. Burikov, S. A. Dolenko, A. O. Efitorov, I. V. Plastinin, V. I. Yuzhakov, S. V. Patsaeva, J. Phys. Chem. A 119 (2015) 10806.
[8] L. Saiz, J. A. Padró, E. Guàrdia, J. Phys. Chem. B 101 (1997) 78.
[9] C. J. Benmore, Y. L. Loh, J. Phys. Chem. 112 (2000) 5877.
[10] F. Li, Z. Men, S. Li, S. Wang, Z. Li, C. Sun, Spectrochim. Acta, Part A 189 (2018) 621.
[11] S. Pothoczki, L. Pusztai, I. Bakó, J. Mol. Liq. 271 (2018) 571.
[12] O. Takahashi, M. P. Ljungberg, L. G. M. Pettersson, J. Phys. Chem. B 121 (2017) 11163.
[13] M. P. Ljungberg, I. Zhovtobriukh, O. Takahashi, L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys. 146 (2017) 134506.
[14] T. Tokushima, Y. Harada, O. Takahashi, Y. Senba, H. Ohashi, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, S. Shin, Chem. Phys. Lett. 460 (2008) 387.
[15] M. P. Ljungberg, Physical Review B 96 (2017) 214302.
[16] M. Haughney, M. Ferrario, I. R. McDonald, J. Phys. Chem. 91 (1987) 4934.
[17] B. Chen, J. I. Siepmann, J. Phys. Chem. B 110 (2006) 3555.
[18] J. Lehtola, M. Hakala, K. Hämäläinen, J. Phys. Chem. B 114 (2010) 6426.
Chapter5
[1] A. Nilsson, D. Nordlund, I. Waluyo, N. Huang, H. Ogasawara, S. Kaya, U. Bergmann, L. A. Naslund, H. Ostrom, P. Wernet, K.J. Andersson, T. Schiros, L. G. M. Pettersson, J. Electron. Spectrosc. Relat. Phenom. 177 (2010) 99.
[2] T. Tokushima, Y. Horikawa, H. Arai, Y. Harada, O. Takahashi, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, S. Shin, J. Chem. Phys. 136 (2012) 044517.
[3] T. Tokushima, Y. Harada, O. Takahashi, Y. Senba, H. Ohashi, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, S. Shin, Chem. Phts. Lett. 460 (2008) 387.
[4] O. Fuchs, M. Zharnikov, L. Weinhardt, M. Blum, M. Weigand, Y. Zubavichus, M. Bar, F. Maier, J. D. Denlinger, C. Heske, M. Grunze, E. Umbach, Phys. Rev. Lett. 100 (2008) 027801.
[5] K. Yamazoe, J. Miyawaki, H. Niwa, A. Nilsson, Y. Harada, J. Chem. Phys. 150 (2019) 204201.
[6] O. Takahashi, L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys.121 (2004) 10339.
[7] B. Winter, R. Weber, W. Widdra, M. Dittmar, M. Faubel, I. V. Hertel, J. Phys. Chem. A 108 (2004) 2625.
[8] P. Wernet, D. Nordlund, U. Bergmann, M. Cavalleri, M. Odelius, H. Ogasawara, L. A. Naslund, T. K. Hirsch, L. Ojamae, P. Glatzel, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, Science 304 (2004) 995.
[9] B. Miguel, J. Zúñiga, A. Requena, A. Bastida, J. Phys. Chem. B 118 (2014) 9427.
[10] I. Zhovtobriukh, N. A. Besley, T. Fransson, A. Nilsson, L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys. 148 (2018) 144507.
[11] M. P. Ljungberg, A. Nilsson, L. G. M. Pettersson, Physical Review B 82 (2010) 245115.