1.6 参考文献
1) Cohen P., European Journal of Biochemistry, 268, 5001–5010 (2001).
2) Manning G., Whyte D. B., Martinez R., Hunter T., Sudarsanam S., Science, 298, 1912–1934 (2002).
3) Keri G., Orfi L., Eros D., Hegymegi-Barakonyi B., Szantai-Kis C., Horvath Z., Waczek F., Marosfalvi J., Szabadkai I., Pato J., Greff Z., Hafenbradl D., Daub H., Muller G., Klebl B., Ullrich A., Current Signal Transduction Therapy, 1, 67–95 (2006).
4) Hakoshima T., Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme, 51, 1557–1568 (2006).
5) Sawa M., Mini reviews in medicinal chemistry, 8, 1291–1297 (2008).
6) Schindler T., Bornmann W., Pellicena P., Miller W. T., Clarkson B., Kuriyan J., Science, 289, 1938–1942 (2000).
7) Attwood M. M., Fabbro D., Sokolov A. V., Knapp S., Schiöth H. B., Nat Rev Drug Discov, 1– 23 (2021).
8) Khan Z. M., Real A. M., Marsiglia W. M., Chow A., Duffy M. E., Yerabolu J. R., Scopton A. P., Dar A. C., Nature, 588, 509–514 (2020).
9) Zhang J., Adrián F. J., Jahnke W., Cowan-Jacob S. W., Li A. G., Iacob R. E., Sim T., Powers J., Dierks C., Sun F., Guo G.-R., Ding Q., Okram B., Choi Y., Wojciechowski A., Deng X., Liu G., Fendrich G., Strauss A., Vajpai N., Grzesiek S., Tuntland T., Liu Y., Bursulaya B., Azam M., Manley P. W., Engen J. R., Daley G. Q., Warmuth M., Gray N. S., Nature, 463, 501–506 (2010).
10) Kumar R., Crouthamel M.-C., Rominger D. H., Gontarek R. R., Tummino P. J., Levin R. A., King A. G., Brit J Cancer, 101, 1717–1723 (2009).
11) Izzedine H., Rixe O., Billemont B., Baumelou A., Deray G., Am J Kidney Dis, 50, 203–218 (2007).
12) 三宅 隆弘, 澤 匡明, “タンパク質結晶の最前線,” 2013.
13) Powers J. P., Li S., Jaen J. C., Liu J., Walker N. P. C., Wang Z., Wesche H., Bioorg Med Chem Lett, 16, 2842–2845 (2006).
14) Noronha G., Barrett K., Cao J., Dneprovskaia E., Fine R., Gong X., Gritzen C., Hood J., Kang X., Klebansky B., Li G., Liao W., Lohse D., Mak C. C., McPherson A., Palanki M. S. S., Pathak V. P., Renick J., Soll R., Splittgerber U., Wrasidlo W., Zeng B., Zhao N., Zhou Y., Bioorg Med Chem Lett, 16, 5546–5550 (2006).
15) Das J., Chen P., Norris D., Padmanabha R., Lin J., Moquin R. V., Shen Z., Cook L. S., Doweyko A. M., Pitt S., Pang S., Shen D. R., Fang Q., Fex H. F. de, McIntyre K. W., Shuster D. J., Gillooly K. M., Behnia K., Schieven G. L., Wityak J., Barrish J. C., Journal of Medicinal Chemistry, 49, 6819–6832 (2006).
16) Wood E. R., Truesdale A. T., McDonald O. B., Yuan D., Hassell A., Dickerson S. H., Ellis B., Pennisi C., Horne E., Lackey K., Alligood K. J., Rusnak D. W., Gilmer T. M., Shewchuk L., Cancer research, 64, 6652–6659 (2004).
2.5 参考文献
1) Bohacek R. S., McMartin C., Guida W. C., Med Res Rev, 16, 3–50 (1996).
2) Hann M. M., Leach A. R., Harper G., J Chem Inf Comp Sci, 41, 856–864 (2001).
3) Hajduk P. J., Sheppard G., Nettesheim D. G., Olejniczak E. T., Shuker S. B., Meadows R. P., Steinman D. H., Carrera G. M., Marcotte P. A., Severin J., Walter K., Smith H., Gubbins E., Simmer R., Holzman T. F., Morgan D. W., Davidsen S. K., Summers J. B., Fesik S. W., J Am Chem Soc, 119, 5818–5827 (1997).
4) Fejzo J., Lepre C. A., Peng J. W., Bemis G. W., Ajay, Murcko M. A., Moore J. M., Chem Biol, 6, 755–769 (1999).
5) Kolb H. C., Finn M. G., Sharpless K. B., Angewandte Chemie International Edition, 40, 2004– 2021 (2001).
6) Huisgen R., Angewandte Chemie Int Ed Engl, 2, 565–598 (1963).
7) Kolb H. C., Sharpless K. B., Drug discovery today, 8, 1128–1137 (2003).
8) Hein C. D., Liu X.-M., Wang D., Pharmaceut Res, 25, 2216–2230 (2008).
9) Lee L. V., Mitchell M. L., Huang S.-J., Fokin V. V., Sharpless K. B., Wong C.-H., J Am Chem Soc, 125, 9588–9589 (2003).
10) Chapman E., Ding S., Schultz P. G., Wong C.-H., J Am Chem Soc, 124, 14524–14525 (2002).
11) Sugawara A., Sunazuka T., Hirose T., Nagai K., Yamaguchi Y., Hanaki H., Sharpless K. B., Ōmura S., Bioorg Med Chem Lett, 17, 6340–6344 (2007).
12) Ghose A. K., Herbertz T., Pippin D. A., Salvino J. M., Mallamo J. P., Journal of Medicinal Chemistry, 51, 5149–5171 (2008).
13) Bissantz C., Kuhn B., Stahl M., J Med Chem, 53, 5061–5084 (2010).
14) Zhao H., Caflisch A., Bioorg Med Chem Lett, 25, 2372–2376 (2015).
15) Irwin J. J., Shoichet B. K., J Chem Inf Model, 45, 177–182 (2005).
16) Zhang L., Chen X., Xue P., Sun H. H. Y., Williams I. D., Sharpless K. B., Fokin V. V., Jia G., Journal of the American Chemical Society, 127, 15998–15999 (2005).
17) Tron G. C., Pirali T., Billington R. A., Canonico P. L., Sorba G., Genazzani A. A., Medicinal Research Reviews, 28, 278–308 (2008).
18) Graneto M. J., Kurumbail R. G., Vazquez M. L., Shieh H.-S., Pawlitz J. L., Williams J. M., Stallings W. C., Geng L., Naraian A. S., Koszyk F. J., Stealey M. A., Xu X. D., Weier R. M., Hanson G. J., Mourey R. J., Compton R. P., Mnich S. J., Anderson G. D., Monahan J. B., Devraj R., Journal of Medicinal Chemistry, 50, 5712–5719 (2007).
19) Pagliai F., Pirali T., Grosso E. D., Brisco R. D., Tron G. C., Sorba G., Genazzani A. A., Journal of Medicinal Chemistry, 49, 467–470 (2006).
20) Kiyoi H., Ohno R., Ueda R., Saito H., Naoe T., Oncogene, 21, 2555–2563 (2002).
21) Hooper C., Killick R., Lovestone S., Journal of neurochemistry, 104, 1433–1439 (2008).
22) Das J., Chen P., Norris D., Padmanabha R., Lin J., Moquin R. V., Shen Z., Cook L. S., Doweyko A. M., Pitt S., Pang S., Shen D. R., Fang Q., Fex H. F. de, McIntyre K. W., Shuster D. J., Gillooly K. M., Behnia K., Schieven G. L., Wityak J., Barrish J. C., Journal of Medicinal Chemistry, 49, 6819–6832 (2006).
23) Abad-Zapatero C., Metz J. T., Ligand efficiency indices as guideposts for drug discovery., 2005.
24) Tanaka D., Tsuda Y., Shiyama T., Nishimura T., Chiyo N., Tominaga Y., Sawada N., Mimoto T., Kusunose N., Journal of Medicinal Chemistry, 54, 851–857 (2011).
25) Orita M., Ohno K., Warizaya M., Amano Y., Niimi T., Methods in enzymology, 493, 383– 419 (2011).
26) Muhammad Z., Skagseth S., Boomgaren M., Akhter S., Fröhlich C., Ismael A., Christopeit T., Bayer A., Leiros H.-K. S., Bioorgan Med Chem, 28, 115598 (2020).
3.5 参考文献
1) Yao Z., Zhou G., Wang X. S., Brown A., Diener K., Gan H., Tan T.-H., J Biol Chem, 274, 2118–2125 (1999).
2) Wright J. H., Wang X., Manning G., LaMere B. J., Le P., Zhu S., Khatry D., Flanagan P. M., Buckley S. D., Whyte D. B., Howlett A. R., Bischoff J. R., Lipson K. E., Jallal B., Molecular and Cellular Biology, 23, 2068–2082 (2003).
3) Liang J. J., Wang H., Rashid A., Tan T.-H., Hwang R. F., Hamilton S. R., Abbruzzese J. L., Evans D. B., Wang H., Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research, 14, 7043–7049 (2008).
4) Graczyk P. P., J Med Chem, 50, 5773–5779 (2007).
5) Irie T., Sawa M., Chemical & pharmaceutical bulletin, 66, 29–36 (2018).
6) Ghose A. K., Herbertz T., Pippin D. A., Salvino J. M., Mallamo J. P., Journal of Medicinal Chemistry, 51, 5149–5171 (2008).
7) Tang J., Hamajima T., Nakano M., Sato H., Dickerson S. H., Lackey K. E., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 18, 4610–4614 (2008).
8) Zhang C., Spevak W., Zhang Y., Burton E. A., Ma Y., Habets G., Zhang J., Lin J., Ewing T., Matusow B., Tsang G., Marimuthu A., Cho H., Wu G., Wang W., Fong D., Nguyen H., Shi S., Womack P., Nespi M., Shellooe R., Carias H., Powell B., Light E., Sanftner L., Walters J., Tsai J., West B. L., Visor G., Rezaei H., Lin P. S., Nolop K., Ibrahim P. N., Hirth P., Bollag G., Nature, 526, 583–586 (2015).
9) Farmer L. J., Ledeboer M. W., Hoock T., Arnost M. J., Bethiel R. S., Bennani Y. L., Black J. J., Brummel C. L., Chakilam A., Dorsch W. A., Fan B., Cochran J. E., Halas S., Harrington E. M., Hogan J. K., Howe D., Huang H., Jacobs D. H., Laitinen L. M., Liao S., Mahajan S., Marone V., Martinez-Botella G., McCarthy P., Messersmith D., Namchuk M., Oh L., Penney M. S., Pierce A. C., Raybuck S. A., Rugg A., Salituro F. G., Saxena K., Shannon D., Shlyakter D., Swenson L., Tian S.-K., Town C., Wang J., Wang T., Wannamaker M. W., Winquist R. J., Zuccola H. J., Journal of Medicinal Chemistry, 58, 7195–7216 (2015).
10) Wang X., Magnuson S., Pastor R., Fan E., Hu H., Tsui V., Deng W., Murray J., Steffek M., Wallweber H., Moffat J., Drummond J., Chan G., Harstad E., Ebens A. J., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 23, 3149–3153 (2013).
11) Mérour J.-Y., Buron F., Plé K., Bonnet P., Routier S., Molecules (Basel, Switzerland), 19, 19935–19979 (2014).
12) Guimarães C. R. W., Rai B. K., Munchhof M. J., Liu S., Wang J., Bhattacharya S. K., Buckbinder L., Journal of chemical information and modeling, 51, 1199–1204 (2011).
13) Huang D., Zhou T., Lafleur K., Nevado C., Caflisch A., Bioinformatics, 26, 198–204 (2010).
4.5 参考文献
1) Masai H., Arai K.-I., Journal of cellular physiology, 190, 287–296 (2002).
2) Kim J. M., Kakusho N., Yamada M., Kanoh Y., Takemoto N., Masai H., Oncogene, 27, 3475– 3482 (2008).
3) Bonte D., Lindvall C., Liu H., Dykema K., Furge K., Weinreich M., Neoplasia (New York, N.Y.), 10, 920–931 (2008).
4) Rodriguez-Acebes S., Proctor I., Loddo M., Wollenschlaeger A., Rashid M., Falzon M., Prevost A. T., Sainsbury R., Stoeber K., Williams G. H., The American journal of pathology, 177, 2034–2045 (2010).
5) Montagnoli A., Tenca P., Sola F., Carpani D., Brotherton D., Albanese C., Santocanale C., Cancer research, 64, 7110–7116 (2004).
6) Sawa M., Masai H., Drug design, development and therapy, 2, 255–264 (2009).
7) Vanotti E., Amici R., Bargiotti A., Berthelsen J., Bosotti R., Ciavolella A., Cirla A., Cristiani C., D’Alessio R., Forte B., Isacchi A., Martina K., Menichincheri M., Molinari A., Montagnoli A., Orsini P., Pillan A., Roletto F., Scolaro A., Tibolla M., Valsasina B., Varasi M., Volpi D., Santocanale C., J Med Chem, 51, 487–501 (2008).
8) Menichincheri M., Albanese C., Alli C., Ballinari D., Bargiotti A., Caldarelli M., Ciavolella A., Cirla A., Colombo M., Colotta F., Croci V., D’Alessio R., D’Anello M., Ermoli A., Fiorentini F., Forte B., Galvani A., Giordano P., Isacchi A., Martina K., Molinari A., Moll J. K., Montagnoli A., Orsini P., Orzi F., Pesenti E., Pillan A., Roletto F., Scolaro A., Tatò M., Tibolla M., Valsasina B., Varasi M., Vianello P., Volpi D., Santocanale C., Vanotti E., J Med Chem, 53, 7296–7315 (2010).
9) Koltun E. S., Tsuhako A. L., Brown D. S., Aay N., Arcalas A., Chan V., Du H., Engst S., Ferguson K., Franzini M., Galan A., Holst C. R., Huang P., Kane B., Kim M. H., Li J., Markby D., Mohan M., Noson K., Plonowski A., Richards S. J., Robertson S., Shaw K., Stott G., Stout T. J., Young J., Yu P., Zaharia C. A., Zhang W., Zhou P., Nuss J. M., Xu W., Kearney P. C., Bioorg Med Chem Lett, 22, 3727–3731 (2012).
10) Ermoli A., Bargiotti A., Brasca M. G., Ciavolella A., Colombo N., Fachin G., Isacchi A., Menichincheri M., Molinari A., Montagnoli A., Pillan A., Rainoldi S., Sirtori F. R., Sola F., Thieffine S., Tibolla M., Valsasina B., Volpi D., Santocanale C., Vanotti E., Journal of Medicinal Chemistry, 52, 4380–4390 (2009).
11) Woods K. W., Lai C., Miyashiro J. M., Tong Y., Florjancic A. S., Han E. K., Soni N., Shi Y., Lasko L., Leverson J. D., Johnson E. F., Shoemaker A. R., Penning T. D., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 22, 1940–1943 (2012).
12) Tong Y., Stewart K. D., Florjancic A. S., Harlan J. E., Merta P. J., Przytulinska M., Soni N., Swinger K. K., Zhu H., Johnson E. F., Shoemaker A. R., Penning T. D., ACS Medicinal Chemistry Letters, 4, 211–215 (2013).
13) Harrington P. E., Bourbeau M. P., Fotsch C., Frohn M., Pickrell A. J., Reichelt A., Sham K., Siegmund A. C., Bailis J. M., Bush T., Escobar S., Hickman D., Heller S., Hsieh F., Orf J. N., Rong M., Miguel T. S., Tan H., Zalameda L., Allen J. G., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 23, 6396–6400 (2013).
14) Hughes S., Elustondo F., Fonzo A. D., Leroux F. G., Wong A. C., Snijders A. P., Matthews S. J., Cherepanov P., Nat Struct Mol Biol, 19, 1101–1107 (2012).
15) Yde C. W., Ermakova I., Issinger O.-G., Niefind K., Journal of Molecular Biology, 347, 399– 414 (2005).
16) Adams J. A., Chemical Reviews, 101, 2271–2290 (2001).
17) Wood E. R., Truesdale A. T., McDonald O. B., Yuan D., Hassell A., Dickerson S. H., Ellis B., Pennisi C., Horne E., Lackey K., Alligood K. J., Rusnak D. W., Gilmer T. M., Shewchuk L., Cancer research, 64, 6652–6659 (2004).
18) Heerding D. A., Rhodes N., Leber J. D., Clark T. J., Keenan R. M., Lafrance L. V., Li M., Safonov I. G., Takata D. T., Venslavsky J. W., Yamashita D. S., Choudhry A. E., Copeland R. A., Lai Z., Schaber M. D., Tummino P. J., Strum S. L., Wood E. R., Duckett D. R., Eberwein D., Knick V. B., Lansing T. J., McConnell R. T., Zhang S., Minthorn E. A., Concha N. O., Warren G. L., Kumar R., Journal of Medicinal Chemistry, 51, 5663–5679 (2008).
19) Iwata H., Imamura S., Hori A., Hixon M. S., Kimura H., Miki H., Biochemistry, 50, 738–751 (2011).
20) Chaikuad A., Tacconi E. M. C., Zimmer J., Liang Y., Gray N. S., Tarsounas M., Knapp S., Nature chemical biology, 10, 853–860 (2014).
21) Lipinski C. A., Lombardo F., Dominy B. W., Feeney P. J., Adv Drug Deliver Rev, 23, 3–25 (1997).
22) Lovering F., Bikker J., Humblet C., Journal of Medicinal Chemistry, 52, 6752–6756 (2009).
23) Nakano H., Saito N., Parker L., Tada Y., Abe M., Tsuganezawa K., Yokoyama S., Tanaka A., Kojima H., Okabe T., Nagano T., Journal of Medicinal Chemistry, 55, 5151–5164 (2012).