化学生命科学研究領域の研究報告

概要

令和 4 年度

京都大学化学研究所 スーパーコンピュータシステム 利用報告書
化学生命科学研究領域の研究報告
Research Achievement of the Laboratory of Chemical Life Science
京都大学化学研究所化学生命科学研究領域

緒方 博之

研究成果概要
京都大学化学研究所スーパーコンピュータシステムを利用して、巨大ウイルスのゲノム・メ
タゲノム解析行うと同時に、微生物生態進化学関連の研究を行った。具体的には下記を実施
した。
【ウイルス感染過程】 理研との共同研究によるミミウイルスの翻訳装置乗っ取りに関する
Ribo-Seq 解析（張瑞軒）。ヴァイロファージの感染過程の必要条件を決定するためのトランスク
リプトーム解析（陳婧潔）。
【新規分類群の発見及び提案】 フランス CEA、CNRS、パスツール研究所との共同研究によ
る新規ウイルス門 Mirusviricota の発見（孟令杰）。メドゥーサウイルスを含む新規分類群マモノ
ウイルス科（Mamonoviridae）の提案（張瑞軒）。
【ウイルス進化解析】 巨大ウイルスの種の起源に関する解析（Russell Neches）。巨大ウイルス
のウイルス間遺伝子水平伝播に関する研究（呉君毅）。巨大ウイルスのアミノアシル tRNA 合
成酵素の進化解析（木島壮一朗）。マルセイユウイルス科におけるゲノム組換えの解析（キン
バリー・ガルシア）。菌類における巨大ウイルス感染痕跡の解析（趙宏達）。
【ウイルス生態解析】 巨大ウイルス環境ゲノム構築法の樹立と長期時系列データへの応用
（方悦）。無光層における巨大ウイルスの生態及び比較ゲノム解析（張利雯、劉文文、長坂孔
明）。極域へのゲノム適応過程（孟令杰）。
【生物炭素ポンプの解析】 マリンスノーキャッチャーを利用した凝集体生命圏の分析（楊青
偉）。東インド洋における微生物鉛直・水平分布の分析（劉文文）。
【藻類進化】 パルマ藻と珪藻の比較ゲノム解析（伴広輝）。リモートセンシングデータからの海
洋微生物群集構造の予測法開発（金子博人）。
【バイオインフォマティクス解析】 ウイルス―宿主データベースの開発（緒方由紀）。KOfam の
改善に向けた予測が困難な KO の特徴分析（本田直輝）。比較ゲノム解析ツール DigAlign の
開発（山田航平）。
発表論文（謝辞あり）
1)

Zhang R., Takemura M., Murata K., Ogata H. “Mamonoviridae”, a proposed new family of
the phylum Nucleocytoviricota. Arch. Virol. 168, 80 (2023).

2)

Tominaga K., Ogawa-Haruki N.,

Nishimura Y., Watai H., Yamamoto K., Ogata H.,

Yoshida T. Prevalence of viral frequency-dependent infection in coastal marine prokaryotes

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revealed using monthly time series virome analysis. mSystems, e0093122 (2023).
3)

Xia J., Kameyama S., Prodinger F., Yoshida T., Cho K.-H., Jung J., Kang S.-H., Yang E.-J.,
Ogata H., Endo H. Tight association between microbial eukaryote and giant virus
communities in the Arctic Ocean. Limnol. Oceanogr., doi: 10.1002/lno.12086 (2022).

発表論文（謝辞なし）
1)

Liu C., Song J., Ogata H., Akutsu T. MSNet-4mC: Learning effective multi-scale
representations for identifying DNA N4-methylcytosine sites. Bioinformatics, 38,
5160-5167 (2022).

2)

Watari M., Kato M., Blanc-Mathieu R., Tsuge T., Ogata H., Aoyama T. Functional
Differentiation among the Arabidopsis Phosphatidylinositol 4-Phosphate 5-Kinase Genes
PIP5K1, PIP5K2 and PIP5K3. Plant Cell Physiol., 63, 635-648 (2022).

3)

Dominguez-Huerta G., Zayed A.A., Wainaina J.M., Guo J., Tian F., Pratama A.A., Bolduc
B., Mohssen M., Zablocki O., Pelletier E., Delage E., Alberti A., Aury J.-M., Carradec Q.,
da Silva C., Labadie K., Poulain J., Tara Oceans Coordinators, Bowler C., Eveillard D.,
Guidi L., Karsenti E., Kuhn J.H., Ogata H., Wincker P., Culley A., Chaffron S., Sullivan
M.B. Diversity and ecological footprint of Global Ocean RNA viruses. Science, 376,
1202-1208 (2022).

4)

Da Cunha V., Gaia M., Ogata H., Jaillon O., Delmont T.O., Forterre P. Giant viruses encode
actin-related proteins. Mol. Biol. Evol., 39, msac022, doi: 10.1093/molbev/msac022
(2022). ...