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三次元オルガノイド培養システムを応用したリキッドバイオプシーによる大腸腺腫スクリーニング検査の開発

半田 智之 東北大学

2021.03.25

概要

【背景】大きな大腸腺腫や多発大腸腺腫は大腸癌の相対危険度を上昇させることが知られており、このような病変の早期発見、治療は大腸癌の予防に重要である。現在大腸癌のスクリーニング検査として便潜血検査が使用されているが大腸腺腫の検出能としては不十分である。近年、血液中のエクソソームmicro RNA(miRNA)がリキッドバイオプシーの候補として注目されている。大腸癌のエクソソームmiRNAプロファイルやリキッドバイオプシーについての報告が散見される一方で、大腸腺腫についての報告は極めて少ない。これは、大腸腺腫はin vitroでの培養が困難で、大腸腺腫由来エクソソームの同定が困難であったためである。2009年に三次元オルガノイド培養システムが開発され、患者由来の正常腸管上皮や大腸腺腫の培養が可能となった。私は、この三次元オルガノイド培養システムを用いることで大腸腺腫に特異的なエクソソームmiRNAを同定し、大腸腺腫のリキッドバイオプシー検査への応用が可能と考えた。

【目的】大腸腺腫から三次元オルガノイド培養株を作成し、分泌されるエクソソームmiRNAの発現プロファイルを明らかにする。さらに大腸腺腫患者血清を用いて、治療前後の血清中miRNAの変化を前向きに評価し、リキッドバイオプシーによる大腸腺腫の診断方法を開発する。

【方法】内視鏡治療で切除した同一標本から大腸正常上皮オルガノイド、大腸腺腫オルガノイドを樹立し、培養上清から超遠心法を用いてエクソソームを分離した。エクソソームmiRNAを抽出し、大腸正常上皮-大腸腺腫間のマイクロアレイ解析を行った。変動を認めたmiRNAを候補として、内視鏡治療前後の血清エクソソームmiRNAをリアルタイムPCRにより比較検討した。大腸癌細胞株(HCT116細胞)に候補miRNAを強制発現し細胞増殖能をMTS assayにより評価した。

【結果】大腸正常上皮・大腸腺腫オルガノイドを同一標本よりペアで3症例樹立した。大腸腺腫オルガノイド培養上清中のエクソソーム内miRNAにおいてmiR-4323、miR-4284、miR-1268a、miR-1290、miR-6766-3p、miR-21-5p、miR-1246の発現高値が認められた。10mm以上の大腸腺腫症例で内視鏡治療前後の比較を行い、治療後血清エクソソームmiR-4323、miR-4284、miR-1290、miR-1246の発現が低下した。4つのmiRNAを組み合わせることで大腸腺腫の診断能の向上が認められた(Area Under the Curve(AUC)値0.698)。大きい大腸腺腫(≧12.6cm²)ではAUC値は0.834とより高値であった。血清miRNAでは治療後、miR-1290、miR-1246の発現が低下し、2つの血清miRNAの組み合わせによる大腸腺腫の診断能の評価ではAUC値0.691であり、大きい大腸腺腫ではAUC値0.834であった。miRNA高値を示す臨床因子の解析では血清miR-1290で腫瘍面積が有意な因子であった。大腸癌細胞株(HCT116細胞)にmiR-4323mimicを遺伝子導入したところ細胞増殖能が低下し、miR-1290mimicの遺伝子導入では細胞増殖能が亢進した。

【結論】大腸腺腫オルガノイドから分泌されるエクソソームmiRNAプロファイルを明らかにし、内視鏡治療前後の患者血清を比較することで大腸腺腫におけるリキッドバイオプシーの候補となるmiRNAを同定した。

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30

10. 図の説明

図 1. 検討 1 のフロー図

内視鏡的に切除した同一標本から大腸正常上皮、大腸腺腫それぞれのオルガノイドを

作成した。培養上清中のエクソソーム miRNA のマイクロアレイ解析によりリキッドバ

イオプシー候補 miRNA を同定した。

図 2. 検討 2 のフロー図

10 mm 以上の大腸腺腫に対して内視鏡治療を行い、内視鏡治療前後の血清・エクソソ

ーム miRNA をリアルタイム PCR で比較した。

図 3. 内視鏡切除標本からのオルガノイドの樹立とエクソソームの分離

A

上段は大腸正常上皮であり、それぞれオルガノイドの光学顕微鏡像 (左)、オルガ

ノイドの H-E 染色 (中央)、内視鏡切除標本の H-E 染色 (右) を示す。下段は大腸腺

腫であり、それぞれオルガノイドの光学顕微鏡像 (左)、オルガノイドの H-E 染色 (中

央)、内視鏡切除標本の H-E 染色 (右) を示す。スケールバーは 100 µm を示す。

B

透過型電子顕微鏡によるエクソソームの観察。大腸正常上皮オルガノイド由来エ

クソソーム(左)、大腸腺腫由来エクソソーム(右)を示す。約 100 nm の類円形の小

胞を確認した。スケールバーは 100 nm を示す。

C

ナノ粒子解析システムによる粒子量の測定。大腸正常上皮オルガノイド由来エク

31

ソソーム(左)、大腸腺腫由来エクソソーム(右)を示す。約 100 nm に最頻値を認め

た。

図 4. 大腸正常上皮・大腸腺腫オルガノイド由来エクソソーム miRNA の網羅的解析

A

バイオアナライザーによる電気泳動の結果。エクソソームから抽出した RNA はリ

ボソーム RNA を含まないことを確認した。

B

エクソソーム miRNA マイクロアレイ解析の結果。大腸正常上皮および大腸腺腫オ

ルガノイド培養上清由来エクソソーム miRNA の発現量を 3 症例の平均値で評価した。

大腸正常上皮群を基準として大腸腺腫群で 15 個の miRNA の発現亢進、97 個の発現低

下を認めた。

図 5. 検討 2 の対象患者の選出

前向きに登録した患者のうち除外基準を有する例を除外し、最終的に 26 症例を対象

とした。

図 6. 内視鏡治療前後での血清エクソソーム miRNA 発現レベルの変化

リアルタイム PCR により内視鏡治療前後の miRNA 発現レベルの比較を行った。血清

エクソソーム miRNA では治療後 miR-4323、miR-4284、miR-1290、miR-1246 の発現レ

ベルが低下した。*は p<0.05 を表す。N.S.: Not Significant。

32

図 7. 内視鏡治療前後での血清 miRNA 発現レベルの変化

同様に血清 miRNA では miR-1290、miR-1246 の発現レベルが低下した 。**は p<0.01

を表す。

図 8. ROC 曲線による診断能の評価

A

血清エクソソーム miR-4323、miR-4284、miR-1290、miR-1246 の AUC 値はそれぞれ

0.637 (95% CI = 0.470-0.776)、0.677 (95% CI = 0.514-0.805)、0.694 (95% CI =

0.534-0.818)、0.635 (95% CI = 0.472-0.772) であった。

B

4 つのエクソソーム miRNA の AUC 値は 0.698 (95% CI = 0.536-0.823)、大きい腫

瘍 (≧12.6cm²)では AUC 値 0.834 (95% CI = 0.660-0.929) であった。

C

血清 miR-1290、miR-1246 の AUC 値はそれぞれ 0.705 (95% CI = 0.544-0.827)、0.639

(95% CI = 0.476-0.776)であった。

D

2 つの血清 miRNA の AUC 値は 0.691 (95% CI = 0.528-0.817)、大きい腫瘍では AUC

値 0.834 (95% CI = 0.628-0.938) であった。

図 9. 候補 miRNA の発現解析

A

各大腸癌細胞株より Total RNA を抽出し miR-4323、miR-4284、miR-1290、miR-1246

の発現量をリアルタイム PCR で比較した。HT-29 細胞を 1 とした場合の相対発現量を

33

示す。

B

大腸癌細胞株 HCT116 細胞に miR-4323、miR-4284、miR-1290、miR-1246 の mimic、

及びそれぞれのコントロールをトランスフェクションし、48 時間後に Total RNA を抽

出した上で発現量を測定した。**は p<0.01 を表す。

図 10. 候補 miRNA 強制発現系における細胞増殖率の評価

大腸癌細胞株 (HCT116 細胞) に候補 miRNA mimic を遺伝子導入し、24 時間毎に MTS

assay により細胞増殖率を測定した。

A

miR-4323 強制発現系の評価。96 時間後で細胞増殖が低下した。

B

miR-4284 強制発現系の評価。細胞増殖能に変化を認めなかった。

C

miR-1290 強制発現系の評価。72 時間後で細胞増殖が亢進した。

D

miR-1246 強制発現系の評価。細胞増殖能に変化を認めなかった。

*は p<0.05 を、**は p<0.01 を表す。

34

35

36

37

38

39

40

41

42

43

44

表 1. オルガノイドを樹立した患者背景の一覧

年齢

性別

部位

Vienna 分類

1

78

女性

左側結腸

Category 4

2

81

男性

左側結腸

Category 4

3

63

女性

右側結腸

Category 3

45

表 2. マイクロアレイ解析で発現変動がみられたエクソソーム miRNA の一覧

オルガノイド培養上清エクソソーム miRNA (n=3 pairs)

腺腫/正常上皮

正常上皮/腺腫

log 2 FC*

p 値**

log 2 FC*

p 値**

hsa-miR-4323

2.21

0.18

hsa-miR-630

4.71

<0.01

hsa-miR-4284

2.21

0.18

hsa-miR-6087

4.61

<0.01

hsa-miR-1268a

2.06

0.25

hsa-miR-4442

4.23

0.01

hsa-miR-1290

1.41

0.03

hsa-miR-5703

4.11

0.08

hsa-miR-6766-3p

1.29

0.53

hsa-miR-6833-5p

3.47

0.07

hsa-miR-21-5p

0.89

0.70

hsa-miR-711

3.42

<0.01

hsa-miR-1246

0.86

0.09

hsa-miR-7150

3.37

0.08

hsa-miR-2278

0.74

0.63

hsa-miR-6133

3.24

0.08

hsa-miR-3148

0.70

0.75

hsa-miR-4534

3.15

0.18

hsa-miR-595

0.52

0.76

hsa-miR-6865-5p

3.08

0.09

hsa-miR-6775-5p

3.07

0.10

hsa-miR-4716-3p

3.06

0.10

Systematic name

Systematic name

*FC: Fold Change。**対応のある t 検定。

46

表 3. 内視鏡治療前後で血清を採取した患者の臨床的特徴

患者 (n=26)

年齢、n (%)

70 歳未満

13 (50.0)

70 歳以上

13 (50.0)

男性

10 (38.5)

女性

16 (61.5)

右側結腸

19 (73.1)

左側結腸

7 (26.9)

隆起型

3 (11.5)

LST-G

15 (57.7)

LST-NG

8 (30.8)

12.6 cm² 未満

13 (50.0)

12.6 cm² 以上

13 (50.0)

Category 3

14 (53.8)

Category 4

12 (46.2)

性別、n (%)

部位、n (%)

肉眼型、n (%)

腫瘍面積、n (%) *

Vienna 分類、n (%)

LST-G: 側方発育型腫瘍結節顆粒型、LST-NG: 側方発育型腫瘍結節非顆粒型。

*腫瘍面積の中央値 (12.6 cm²) で区分した。

47

表 4. miRNA 高値を示す臨床因子の同定

血清 miR-1290 単変量解析*

高値 (n=13)

p値

多変量解析**

オッズ比

(95%信頼区間)

p値

年齢、n (%)

70 歳未満

6/13 (46.1)

70 歳以上

7/13 (53.8)

1.00

性別、n (%)

男性

5/10 (50.0)

女性

8/16 (50.0)

1.00

部位、n (%)

右側結腸

7/19 (36.8)

左側結腸

6/7 (85.7)

0.07

Reference

5.59

(0.26-118.23)

0.27

肉眼型、n (%)

隆起型

1/3 (33.3)

0.14

Reference

LST-G

10/15 (66.7)

15.6

(0.34-710.67)

0.16

LST-NG

2/8 (25.0)

11.3

(0.15-829.61)

0.27

腫瘍面積、n (%) ***

12.6 cm² 未満

2/13 (15.4)

12.6 cm² 以上

11/13 (84.6)

<0.01

Reference

33.1

(1.97-556.64)

0.02

Vienna 分類、n (%)

Category 3

6/14 (42.9)

Category 4

7/12 (58.3)

0.70

単変量解析で p 値 が 0.2 未満であった臨床因子を多変量解析で解析した。*カイ二乗

検定または Fisher 正確確率検定、**多重ロジスティック回帰分析。***腫瘍面積の中

48

央値は 12.6 cm²である。

49

...

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