3次元オルガノイド培養モデルを用いた大腸腫瘍と線維芽細胞の相互関係の検討
概要
博士論文
3 次元オルガノイド培養モデルを用いた
大腸腫瘍と線維芽細胞の相互関係の検討
東北大学大学院医学系研究科医科学専攻
内科病態学講座消化器病態学分野
猪股
優志
略語一覧
ECM
extra cellular matrix
TME
tumor microenvironment
CAF
cancer associated fibroblast
TGF
transforming growth factor
IL
interleukin
TNF
tumor necrosis factor
RTK
receptor tyrosine kinase
BMP
bone morphogenetic protein
ESD
endoscopic submucosal dissection
PBS
phosphate buffered saline
EDTA
ethylenediaminetetraacetic acid
DMEM
dulbecco's modified eagle's medium
EGF
epidermal growth factor
IGF
insulin-like growth factors
FGF
fibroblast growth factors
H-E
hematoxylin-eosin
HBSS
hanks' balanced salt solution
1
FBS
fetal bovine serum
αSMA
alpha-smooth musle actin
IHC
immunohistochemistry
DKK
dickkopf
SFRP
secreted frizzled related protein
ELISA
enzyme-linked immunosorbent assay
ATCC
american type culture collection
OD
optical density
RFU
relative fluorescent unit
siRNA
small interfering RNA
ROC
receiver operating characteristic
AUC
area under the curve
2
1. 要約
【背景】癌関連線維芽細胞は大腸癌微小環境の代表的な構築因子であり、その起源は
正常線維芽細胞が有力視される。大腸癌の長い発育過程の中で腺腫、早期大腸癌とど
のような相互関係を構築しているかは不明である。2009 年に三次元オルガノイド培
養システムが報告され、正常腸管上皮や大腸腺腫の培養が可能となり、早期病変を含
めた大腸腫瘍と正常線維芽細胞という腫瘍形成早期における微小環境の応答の解析
が可能であると考えた。
【目的】三次元オルガノイド長期培養システムを用い、大腸オルガノイドと大腸正常
線維芽細胞との共培養系を構築し、腫瘍発育に伴う線維芽細胞の応答を明らかとする
ことを目的とした。
【方法】内視鏡的切除検体、及び外科切除検体から大腸正常上皮オルガノイド、大腸
腺腫オルガノイド、大腸癌オルガノイド、及び大腸正常線維芽細胞(3 症例)を樹立
し、オルガノイドと正常線維芽細胞に対してトランスウェルインサートを介した共培
養を行った。共培養後のオルガノイドを観察し、更に正常線維芽細胞のマイクロアレ
イ解析を行った。共培養を行った大腸腫瘍オルガノイドの腫瘍進行度に沿って発現が
亢進する遺伝子を候補として、non-advanced adenoma 27 例、advanced adenoma 25
例、進行癌 56 例に対して免疫組織化学染色を行い組織中の発現を解析した。腫瘍発
育早期から発現を認めた DKK1 に対して、advanced adenoma 患者 17 症例、進行癌患
3
者 32 症例の血清を用いた発現解析、及びヒト大腸癌細胞株 HCT116 細胞を用いた機
能解析を行った。
【結果】オルガノイドの平均径は、正常上皮では単独培養で 146.2μm、3 種類の正常
線維芽細胞との共培養でそれぞれ 338.9μm、205.8μm、236.3μm となり、腺腫では
単独培養で 86.5μm、共培養でそれぞれ 308.3μm、242.9μm、227.1μm と、いずれも
共培養群で増大を認めた(p < 0.001)。一方癌では単独培養では 138.1μm、共培養で
は 140.2μm、133.5μm、115.9μm といずれも変化を認めなかった。オルガノイドの
細胞生存能は、正常上皮単独を 1 とすると、3 種類の正常線維芽細胞と共培養後の平
均値は順に 2.78、1.56、2.24、腺腫単独を 1 とすると共培養後の平均値は 3.03、2.98、
2.33 であり、いずれにおいても共培養群で亢進を認めた。一方、癌単独を 1 とする
と、3 種類の正常線維芽細胞と共培養後の平均値は順に 1.42、0.91、0.59 となり変化
は認めなかった。正常線維芽細胞のマイクロアレイ解析では、腺腫オルガノイドとの
共培養、癌オルガノイドとの共培養とで段階的に発現が亢進する 18 遺伝子を認め、
Wnt signaling に関連する DKK1 に着目した。内視鏡切除標本、外科切除検体に対する
免疫組織化学染色により、DKK1 が腫瘍発育早期から腫瘍間質で発現していることを
認めた。平均の血清中 DKK1 濃度は、進行癌患者群 1863.5 pg/mL、Advanced adenoma
群 722.7 pg/mL、対照群 504.8 pg/mL だった。進行癌患者群と対照群を比較すると
進行癌患者群で高値であり(p < 0.001)、進行癌患者群と Advanced adenoma 群を比
較しても同様に進行癌患者群で高値だった(p = 0.0032)。また、advanced adenoma
4
群と内視鏡的切除後の対照群を治療前後で比較したところ治療後における低下を認
めた(p = 0.023)。HCT116 細胞に対して DKK1 recombinant protein を添加したとこ
ろ、平均の OD value は添加群、非添加群それぞれ 1.34、1.66 と細胞増殖能の低下を
認め(p = 0.010)、DKK1 の siRNA トランスフェクションを行うことで siRNA 群、コン
トロール群で平均の OD value がそれぞれ 0.93、0.74 と上昇を認めた(p = 0.001)。
【結論】大腸腫瘍の発育過程において、腫瘍の進行度により、線維芽細胞から受ける
影響が異なることが示唆された。また、腫瘍形成早期から線維芽細胞は DKK1 を発現
し腫瘍抑制的に機能する可能性が示された。
5
2. 研究背景
大腸癌は世界的に罹患者の多い癌腫の一つであり、癌関連死亡原因としても上位に
位置する
1-3)
。早期病変であれば予後が良好であるが進行癌の予後は悪く、本邦でも
2016 年には 5 万人を超える大腸癌死亡者数が報告されている 4)。
大腸癌は、大腸癌細胞の周囲に線維芽細胞、炎症細胞、血管、神経、コラーゲン繊
維でできた ECM(extracellular matrix、細胞外マトリックス)、基底膜などの様々な
因子と TME(tumor microenvironment、腫瘍微小環境)を構築している 5)。TME は大腸
癌の発症のみならず、治療標的や予後因子としても大きく関与している 6)。その中で、
CAF(癌関連線維芽細胞、cancer associated fibroblast)は TME の代表的かつ重要
な機能調節因子の一つであり、癌細胞との相互作用により、癌細胞の増殖、浸潤、血
管新生、腫瘍免疫に関連することが報告されている 7)。 近年、CAF は不均一な細胞集
団であることが明らかとされている 5)。機能面でも CAF が免疫療法への反応性の低下
に関与する一方で
8,9)
、ヘッジホッグシグナル阻害による CAF の抑制で癌の進行が促
進されることが報告 10-12)されており、多様性が認められる。この他にもシングルセル
RNA シーケンシングによる大腸癌の分子サブタイプの決定を規定する細胞成分の解析
13)
や、CAF 特異的因子を用いた癌治療への応用 14)など、幅広い研究が行われ続けてい
る。
現在まで、
CAF の起源としては癌細胞周囲の正常線維芽細胞が有力視されている 15)。
TGF(transforming growth factor)-βによる刺激 16,17)の他、炎症性サイトカイン
6
(IL (interleukin)-1、IL-6、TNF(tumor necrosis factor))、RTK(receptor tyrosine
kinase) ligands 等が CAF の形成に関与する 18)と報告されているが、正常線維芽細
胞から CAF 形成に至るまでの過程には不明な点が多く残されている。前癌病変や癌初
期病変にも正常線維芽細胞が豊富に存在することから 19,20)、腫瘍形成初期においても
正常線維芽細胞が何らかの応答を来していることが示唆される
11)
。しかしながら、
様々な癌腫において CAF との相互作用を調べた様々な報告が見られる一方で、正常線
維芽細胞に関する報告は極めて少なく一定の見解は得られていない。線維芽細胞は癌
抑制的に機能するとする報告もあるが 5)、癌細胞の悪性度の違いによる反応性の違い
については明らかではない。その理由として、ヒト組織の病変を経時的にサンプリン
グし観察することは困難であることや、初期病変や前癌病変と線維芽細胞との相互関
係を観察する優れたモデルが存在しなかったことが一因と考えられる。
大腸癌は前癌病変である腺腫を経る adenoma-carcinoma-sequence が立証されてい
る癌腫である 21,22)。良性腫瘍から癌に至るまで長い時間を要する発育様式の中で、腺
腫や大腸癌早期病変が、周囲の線維芽細胞とどのような相互関係を構築しているか、
正常線維芽細胞がどのような応答を来すのかを明らかにすることは、大腸癌の進行、
浸潤を解明するうえで極めて重要と考えられる。
長らく、大腸癌の in vitro 研究には癌細胞株が用いられていた。その理由は、正
常な腸管上皮細胞や、前癌病変である大腸腺腫を培養する技術が無かったためである
23)
。しかし、2009 年に佐藤らによりマウス小腸からクリプトを単離し、細胞外マトリ
7
クスであるマトリゲル内に懸濁し、培地に Wnt シグナル、Notch シグナル、BMP(bone
morphogenetic protein)シグナルの制御因子を添加することでオルガノイドと呼ば
れる三次元組織構造体を培養する技術が報告された
24)
。そして、2011 年にはマウス
大腸、及びヒト小腸と大腸でも同様にオルガノイドを樹立でき、腺腫や癌にも応用で
きることが報告された 25)。このオルガノイドモデルは TME 構成要素が欠落しているこ
とが問題であったが 26)、近年は線維芽細胞 27,28)やリンパ球 29)などとの共培養系の報
告もあり、腫瘍と TME 構成因子との相互関係を明らかとするための単純なモデルの構
築ができつつある。
私は、オルガノイド培養技術と線維芽細胞の共培養モデルを用いることで大腸腫瘍
形成早期における微小環境の応答を解析することが可能であると考えた。
8
3. 研究目的
三次元構造を形成し in vitro で生体内に近い状態となるオルガノイド長期培養
システムを用い、大腸オルガノイドと大腸正常線維芽細胞との共培養系を構築し、
腫瘍発育に伴う線維芽細胞の応答を明らかとすることを目的とした。
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4. 研究方法
4.1. 研究の概要
本研究は、以下の手順に沿って行われた。
①ヒト大腸正常上皮、ヒト大腸腺腫、ヒト大腸進行癌切除標本から腸管上皮の三次元
オルガノイド培養株を、ヒト大腸正常粘膜組織から大腸正常線維芽細胞株を樹立する。
②各オルガノイドと正常線維芽細胞を共培養し相互の応答を検証する。
③マイクロアレイ解析により正常線維芽細胞の遺伝子変動を同定する。
④変動した遺伝子について臨床検体や、患者血清を用いて臨床的意義を解析する。
⑤ヒト大腸癌細胞株 HCT116 を用いた機能解析を行う。
実験のフローチャートを図 1 に示す。
この研究は、東北大学大学院医学系研究科倫理委員会の承認(受付番号 2022-1-119:
大腸腺腫/大腸癌由来のエクソソームを用いたリキッドバイオプシーに関する研究、
2022-1-169 : 大 腸 癌 、 大 腸 癌 関 連 線 維 芽 細 胞 に お け る WNT ア ン タ ゴ ニ ス ト
(DKK1,DKK2,SFRP1)の発現解析、2022-1-249:miRNA を用いた腸管病変のリキッドバ
イオプシー法の研究 MIRAI study(Liquid biopsy using miRNAs associated with
intestinal disease))のもと、研究対象者に文書を用いて説明し同意を得た上で行
った。
4.2. 研究対象とオルガノイドの樹立
10
大腸腫瘍は国際的分類である Vienna 分類に従い Category 3 及び 4 を腺腫、
Category 5 を癌と定義した 30,31)。大腸腺腫オルガノイドは、東北大学病院消化器内
科で Category3 及び 4 に対して大腸粘膜下層剥離術(endoscopic submucosal
dissection、ESD)による治療を施行した際に採取した腫瘍組織から三次元オルガノ
イドを樹立した。大腸癌オルガノイドは、東北大学病院総合外科で手術施行時に切
除標本から腫瘍組織を採取し樹立した。
オルガノイドの樹立は、過去の報告に基づいて行った 32,33)。切除した組織標本か
ら 2-3 mm の組織を採取した後に細切し、氷冷した PBS(phosphate buffered saline)
(Wako、Osaka、Japan)で洗浄後、腫瘍組織では Liberase TH Research Grade(Roche
diagnostics、Basel、Switzerland)を用いて 37℃ ウォーターバス内で 30 分間イ
ンキュベートして組織を融解し細胞ペレットを作成した。正常上皮組織では、
UltraPure 0,5M EDTA(ethylenediaminetetraacetic acid)、pH 8,0(Thermo Fisher
Scientific、Waltham、MA)を PBS で希釈した 2,5 mM EDTA に攪拌し 4℃で 1 時間イ
ンキュベートした後に PBS で激しくピペッティングすることで放出されたクリプト
を回収した。
それらを ECM である Matrigel Matrix GFR、Phenol red free(Corning、
Corning、NY)に内包後、ニッチ因子を含むオルガノイド培地を使用して培養した。
大腸腫瘍オルガノイド培地は、Advanced DMEM(dulbecco's modified eagle's medium)
/F12(Thermo Fisher Scientific)に 1% Penicillin-streptomycin(Thermo Fisher
Scientific)、2 mM GlutaMAX™ Supplement(Thermo Fisher Scientific)、10 mM
11
HEPES(Thermo Fisher Scientific)を加えた混合液を基礎培地として、1×B-27
Supplement(Thermo Fisher Scientific)、1 mM N-acetylcysteine(Wako)、10 nM
[Leu15] Gastrin Ⅰ human(Sigma-Aldrich、St.Louis、MO)、及びニッチ因子とし
て 50 ng/ml EGF(epidermal growth factor)recombinant mouse protein(Thermo
Fisher Scientific)、100 ng/ml recombinant murine Noggin(Peprotech、Cranbury、
NJ)、500 nM A83-01(Wako)、100 ng/ml Recombinant Human IGF(insulin-like
growth factors)-Ⅰ(BioLegend、San Diego、CA)、50 ng/ml Recombinant Human
FGF-basic(fibroblast growth factors)(PeproTech)を加え完全培地として使用
した。大腸正常上皮オルガノイドでは IntestiCult Organoid Growth Medium Human
(STEMCELL Technologies、Vancouver、BC)を使用した。初回の培地交換時までは
10 µM Y-27632(Wako)を添加した。2、3 日毎に培地を交換し、1 週間毎に継代を行
った。観察標本の作成時は、Cell recovery solution(Corning)で ECM を除去し、
iPGell(NIPPON Genetics Co., Ltd、Tokyo、Japan)でゼリー状に凝固させ 4% パ
ラホルムアルデヒド(Wako)で一晩固定した。固定後にパラフィンブロックに包埋、
ミクロトームで剥離切片を作成し H-E(hematoxylin-eosin)染色を行った。標本画
像はリサーチスライドスキャナー
SLIDEVIEW™ VS200 ( Olympus Scientific
Solutions、Tokyo、Japan)を用いて取り込み観察した。
4.3. 大腸正常線維芽細胞の樹立
12
大腸正常線維芽細胞の樹立は、過去の報告に基づいて行った 27,34,35)。大腸 ESD 施行
時に一括切除した検体から、病理学的評価に影響を及ぼさないよう腫瘍部位から断端
距離を確保した上で正常粘膜を切除し、1% Antibiotic-Antimycotic(Thermo Fisher
Scientific)を加えた PBS で洗浄した。その後、ディッシュ上で HBSS(hanks' balanced
salt solution)MIX を加えながら先鋭ハサミを用いて 10 分かけて可能な限り組織を
細かくした。HBSS MIX は、HBSS、calcium、magnesium、no phenol red(Thermo Fisher
Scientific)に 0.05% Collagenase P(Roche)、0.02% Pronase(Roche)、 0.001% Dnase
(Roche)を加え作製した。37℃のウォーターバスで 15 分間インキュベートし遠心し
ペレット化し、PBS でペレットの洗浄を繰り返しディッシュに播種した。培地は DMEM/Ham’s F-12 with L-Glutamine and Phenol Red(Thermo Fisher Scientific)
に 1% Antibiotic-Antimycotic、20% FBS(fetal bovine serum)
(Cytiva、Tokyo、
Japan)を加えたものを使用した。翌日に培地交換を行った後は、1 週間毎に培地を交
換しコンフルエントになったところで凍結保存した。樹立した正常線維芽細胞は
Image-it™ Fixation/Permeabilization Kit(Thermo Fisher Scientific)を用いて
蛍光免疫染色を行い共焦点レーザー顕微鏡にて観察した。一次抗体としてαSMA
(anti-alpha-smooth muscle)
(Thermo Fisher Scientific)と E-cadherin(Becton、
Dickinson and Company、Franklin Lakes、NJ)を、二次抗体として Alexa Fluor 488™
donkey anti-mouse IgG [H+L](Thermo Fisher Scientific)を使用した。
13
4.4. オルガノイドと正常線維芽細胞の共培養
オルガノイドと正常線維芽細胞における相互作用を解析するため、非接触的に共培養
を行った。以下において、オルガノイドは 10-20 継代目、正常線維芽細胞は 5-10 継
代目で実験に用いた。24 well plate for cell culture insert(Corning)の底面に
予め正常線維芽細胞を播種し、コンフルエントになったところでオルガノイドを継代
して Matrigel に懸濁し、Cell culture insert 0,4μm(Corning)に 10μL ずつ播種
し共培養を行った。腫瘍オルガノイド、正常上皮オルガノイドそれぞれに研究 4.3 で
使用した培地を使用し、3、4 日毎に培地を交換した。正常線維芽細胞はそれぞれの実
験で 3 種類用いた。培養第 10 日目にオルガノイドを顕微鏡で撮影し、その径を測定
した。1 視野当たり大きな順に 8 個ずつオルガノイドの直径を測定し計 64 個のオル
ガノイドを評価した。共培養時に観察されたオルガノイドの変化の検討のため、腺腫
オルガノイドに対して正常線維芽細胞のコンディションメディウムを用いて培養し
た。具体的には、ディッシュ内に播いた正常線維芽細胞がコンフルエントになったと
ころで 1% Penicillin-streptomycin(Thermo Fisher Scientific)を加えた Advanced
DMEM/F12(Thermo Fisher Scientific)に交換し、3 日後に回収し完全培地の作成に
用いた。2、3 日ごとに培地交換を行い、培養第 7 日目に顕微鏡で観察した。
4.5. 細胞生存能の評価
14
共培養を行ったオルガノイドを顕微鏡で撮影した後、CellTiter-Glo® 3D Cell
Viability Assay(Promega、Madison、WI)を用いて細胞生存能の評価を行った。培
地除去後 Cell recovery solution を添加し、10 分間氷上冷却した後、CellTiterGlo® 3D Cell Viability Assay を添加し 5 分間撹拌した後に Lumino Skan Ascent
(Thermo Fisher Scientific)を用いて発光度を測定した。5 分毎に測定を繰り返
しそのピーク値を測定値として用いた。データは、共培養を行ったオルガノイドと
行っていないオルガノイドをそれぞれ 4 well ずつ計測し解析した。
4.6. 正常線維芽細胞のマイクロアレイ解析
オルガノイドと正常線維芽細胞の共培養を行い、正常線維芽細胞の RNA を抽出した。
RNA の抽出には ISOSPIN Cell & Tissue RNA(NIPPON GENE CO., LTD、Tokyo、Japan)
を用いた。 ...