ゲノムネットサービス利用統計

概要

2022年度
ゲノムネットサービス利用統計
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 西川　和嗣(日本ヒューレット・パッカード合同会社)
KEGG 生命システム情報統合データベース
　KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) はゲノムや分子レベルの情報から細胞、個体、エコシ
ステムといった生命システムの機能や有用性を理解するためのリソースです。生命システムのコンピュータ表現と
して、遺伝子やタンパク質（ゲノム情報）と化合物など（ケミカル情報）の分子部品の情報を、分子間の相互作
用・反応・関係ネットワーク（システム情報）の知識で統合した生命システム情報統合データベースです。さらに
生体システムのゆらぎとして疾患・医薬品情報（ヘルス情報）も統合されています。
カテゴリ
システム情報

ゲノム情報

ケミカル情報

ヘルス情報

データベース

内　容

KEGG PATHWAY

KEGG パスウェイマップ

KEGG BRITE

BRITE 機能階層・テーブル

KEGG MODULE

KEGG モジュール

KEGG ORTHOLOGY

機能オーソログ

KEGG GENOME

全ゲノム配列既知の KEGG 生物種

KEGG GENES

遺伝子・タンパク質

KEGG SSDB

GENES の配列類情報

KEGG COMPOUND

化合物

KEGG GLYCAN

糖鎖

KEGG REACTION

生体内化学反応

KEGG RCLASS

反応クラス

KEGG ENZYME

酵素

KEGG NETWORK

疾患関連のネットワーク要素

KEGG VARIANT

ヒト遺伝子バリアント

KEGG DISEASE

ヒト疾患

KEGG DRUG

医薬品

KEGG DGROUP

医薬品グループ

ゲノムネットデータベースリソース
内　容

サービス
KEGG OC

KEGG OC (KEGG Ortholog Cluster) へのインタフェース

Virus-Host DB ウィルスとその宿主のデータベース
Taxonomy

生物種分類の早見表および検索

varDB

抗原変異性遺伝子のデータベース

ゲノムネットの計算ツール
　ゲノムネットでは以下の３つのカテゴリーで計算サービスを提供しています。配列解析の標準的なプログラム以
外はすべて京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターで開発されたものです。
　配列解析
サービス

内　容
- 117 -

BLAST
FASTA
MOTIF

配列類似性検索
配列モチーフ検索

CLUSTALW
MAFFT
PRRN
TREE

配列のマルチプルアライメントおよび進化系統樹解析

　ゲノム情報解析
サービス

内　容

DiGAlign

ゲノムアラインメントビューアー

ViPTree

ウィルスゲノムのproteomic treeを生成

KAAS

ゲノムまたはESTコンティグの自動アノテーションとパスウェイマッピング

GENIES

カーネル法での多様なオミクスデータ統合による遺伝子ネットワーク予測

DINIES

医薬品ー標的ネットワーク予測

KofamKOALA

遺伝子機能予測とKEGGマッピング

　ケミカル情報解析
サービス

内　容

SIMCOMP

化合物類似構造検索

SUBCOMP

化合物部分構造検索

KCaM

糖鎖類似構造検索

PathComp

化合物間の反応経路計算

PathSearch

類似反応経路検索

PathPred

分解・合成反応経路予測

E-zyme

化合物間の酵素反応と酵素遺伝子予測

DBGET/LinkDB: ゲノムネット統合データベース検索システム
　DBGET は世界中に存在する分子生物学データベースを対象とした統合データベースシステムです。ゲノムネッ
トや KEGG のバックボーンシステムとして利用されています。DBGET でサポートする分子生物学データは、各デ
ータベースのエントリー（ページ）をノード、エントリー間の参照情報をエッジ（リンク）とした膨大なグラフと
して表現されます。各データベースエントリーはデータベース名とエントリー名（またはアクセッション番号）の
ペアで指定され、これは一般には対応するページのURLに変換することができます。このような名前空間を考え、
名前同士のつながりを蓄積したのが LinkDB データベースです。
　DBGET/LinkDB システムでは多数のデータベースを統合するために、データベース利用条件の違い（ミラーリ
ング可、キーワードインデクシング可、リンクのみ）を考慮して、各データベースを以下の５つのカテゴリーに分
類しています。

カテゴリー

検索コマンド
bget bfind blink

備考

1. KEGGデータベース

yes

yes

yes

2. その他のDBGETデータベース

yes

yes

yes

3. Web上の検索可能データベース

no

yes

yes

4. Web上のリンクのみのデータベース

no

no

yes 各サイトのサービスを利用

5. PubMedデータベース

yes

no

yes

　KEGGデータベース (カテゴリー1)
- 118 -

ゲノムネットでミラーリング

　　ゲノムネットが提供するKEGGデータベースは以下の通りで、多くのものは毎日更新されています。
データベース

内　容

備考

brite

機能階層・オントロジー

KEGG BRITE

pathway

パスウェイマップ

module

KEGGモジュール

orthology

オーソログ (KO) グループ

genome

KEGG生物種

mgenome

メタゲノム

genes

高精度ゲノム中の遺伝子カタログ

mgenes

メタゲノム中の遺伝子カタログ

compound

化合物

KEGG COMPOUND

glycan

糖鎖

KEGG GLYCAN

reaction

化学反応

rclass

反応クラス

enzyme

酵素分類

network

疾患関連のネットワーク要素

KEGG NETWORK

variant

ヒト遺伝子バリアント

KEGG VARIANT

disease

ヒト疾患

KEGG DISEASE

drug

医薬品

dgroup

医薬品グループ

expression

マイクロアレイ遺伝子発現プロフィール

KEGG PATHWAY
KEGG ORTHOLOGY
KEGG GENOME
KEGG GENES

KEGG REACTION

KEGG DRUG
著者による登録

　その他のDBGETデータベース (カテゴリー2)
　　ゲノムネットがミラーリングしているデータベースは以下の通りです。
データベース
refseq
uniprot

内　容

refnuc

核酸塩基配列

refpep

タンパク質アミノ酸配列

swissprot
trembl
rg001

refgene rg002
rg003

元サイト
NCBI

タンパク質アミノ酸配列

SIB / EBI

海洋微生物メタゲノムのリファレンス遺伝子セット（OM-RGC） EMBL
ヒト腸内細菌メタゲノムのリファレンス遺伝子セット（IGC）

BGI/EMBL

海洋微生物メタゲノムのリファレンス遺伝子セット（MATOU） Tara Oceans

pdb

タンパク質立体構造

RCSB

pdbstr

PDBアミノ酸配列

京都大学

epd

真核生物プロモーター

ISREC

prosite
motifdic pfam

ExPASy
タンパク質配列モチーフ

EBI

ncbi-cdd

NCBI

pmd

変異タンパク質

国立遺伝学研究所

aaindex

アミノ酸指標

京都大学

carbbank

糖鎖構造 (更新なし)

帝京大学/ジョージア大学

prosdoc

PROSITE文献

ExPASy
- 119 -

　Web上の検索可能データベース (カテゴリー3)
　　ゲノムネットでキーワード検索のみできるデータベースは以下の通りです。
データベース

内　容

genbank
insdc

ddbj

元サイト
NCBI
国立遺伝学研究所

核酸塩基配列

embl

EBI

ncbi-gene

Entrez 遺伝子データベース

NCBI

ensembl

真核ゲノムアノテーション

Ensembl

hgnc

ヒト遺伝子名

HGNC

brc-dna

ヒト完全長cDNAクローン

理研BRC

brc-epd

植物の完全長cDNAクローン

理研BRC

go

遺伝子オントロジー

GO

interpro

タンパク質ファミリー・ドメイン

EBI

pubchem

PubChem 化合物データベース

NCBI

chebi

ChEBI 化合物データベース

EBI

pdb-ccd

PDB リガンド辞書

PDB

lipidmaps

脂質代謝

LIPIDMAPS

lipidbank

脂質

LipidBank

knapsack

植物二次代謝産物

KNApSAcK

hmdb

ヒトメタボローム

HMDB

3dmet

天然化合物の立体構造

3DMET

drugbank

医薬品とターゲット

DrugBank

ligandbox

医薬品の立体構造

LigandBox

sider

医薬品の副作用

SIDER

　LinkDB検索のみ可能なデータベース (カテゴリー4)
　　LinkDBで検索可能なデータベースは以下のとおりです。 ...

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