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佐渡島固有種サドガエル(Glandirana susurra)の保全生態学的研究

宅森, 美優 東京大学 DOI:10.15083/0002006901

2023.03.24

概要





の 結













宅森

美優

現在、地球は六度目の大量絶滅の時代に突入したと考えられており、多くの
野生生物が絶滅の危機に瀕している。なかでも両生類は種の絶滅が急速に進行
しており、その約三割が絶滅危惧種に分類されている。日本ではこれまで水田
地域が代替湿地として両生類の主な生息地を提供してきたが、農業の近代化や
耕作放棄の影響により、水田生態系が持つ両生類の維持・保全機能は急速に失
われつつある。そのため現在、農業生産と両生類の保全を調和させた水田の管
理手法を明らかにすることが、環境保全型農業推進や生物多様性保全上の喫緊
の課題となっている。
絶滅危惧種や希少種の有効な保全策を立案するためには、対象種の遺伝的基
盤に関する情報を、広域スケール、景観スケール、局所スケールという空間の
階層構造を考慮して整理し、そのうえで生息に適した環境条件を特定し、個体
数を維持・増加させるための具体的な生息地管理手法を提言することが重要で
ある。しかし、両生類においてそのような包括的な研究はほとんど行われてい
ない。本研究は、水田とため池を主な生息地とし、環境省が作成するレッドリ
ス ト に お い て 絶 滅 危 惧 ⅠB 類 に 分 類 さ れ て い る 佐 渡 島 固 有 種 サ ド ガ エ ル
(Glandirana susurra)に着目し、その遺伝構造と個体群動態の規定要因を空
間的な階層構造ごとに明らかにし、その科学的知見を基にした保全単位と保全
策を提案したものである。本研究は、以下に示す全 5 章から構成される。
第 1 章では、国内外における両生類の現状・絶滅要因・保全上の課題、日本
の水田生態系における生物多様性の現状、サドガエルの生態に関する知見等を
整理した。
第 2 章では、佐渡島全島においてサドガエルの分布調査を行うとともに、マ
イクロサテライトマーカーおよびミトコンドリア DNA を用いた遺伝解析を行い、
サドガエルの遺伝的多様性、ボトルネック経験の有無、集団の遺伝構造、地域
集団の遺伝的特徴についての詳細な情報を明らかにした。その結果、サドガエ
ルは佐渡島東部、中央部、西部の三つの遺伝的に異なる地域集団に分かれるこ
と、地域集団間に遺伝子流動はほとんど起こっていないこと、三つの地域集団

は過去に大きなボトルネックを経験したこと、東部と西部の地域集団は中央部
と比べて遺伝的多様性が低く有効集団サイズが小さいことを示した。以上から、
三つの地域集団をサドガエルの保全管理ユニットとすべきこと、東部と西部の
地域集団の保全優先度が特に高いことを指摘した。
第 3 章では、多くの生息地が確認された佐渡島中央部地域集団を対象として、
各集団間の連結性(遺伝子流動)
、および連結性に関与する要因を推定した。そ
の結果、各集団間の連結性が総じて低いことから平野部に水田景観が広がる佐
渡島中央部においてさえも生息地の分断化が進行している現状を明らかにした。
さらに、遺伝子流動は同じ水系に属する集団間や直線距離の短い集団間で大き
いこと、水系が異なる集団間で遺伝構造に違いが見られることを示した。以上
の結果から、水系ごとに保全管理ユニットを設定し、個体の移動を促進するた
めに河川周辺の湿潤な環境を保全する重要性を指摘した。
第 4 章では、サドガエルの主要な生息地である水田における本種の個体数を
規定する環境要因を明らかにした。サドガエルの生息に影響を及ぼすと考えら
れる水環境に関わる要因、移動を制限する要因、および周辺の環境要因につい
て解析した結果、「中干し」と深さ 30cm 以上のコンクリート製用水路がサドガ
エルの個体数を大きく減少させること、「中干し」の負の効果は水田内に「江」
を設置することで緩和できることを明らかにした。
第 5 章では、以上の結果に基づいて総合考察を行い、今後、佐渡島でサドガ
エルを保全していく上で望ましい保全対策を提案した。すなわち、(1)保全管理
ユニットの設定、(2)保全優先度の高い地域集団の保全、(3)地域集団を対象と
したモニタリング調査の実施、(4)河川環境の保全、(5)飛び石コリドー(中継
地点)の設置、(6)保全に適した水田管理、の六つの指針を提案した。
以上、本研究は、生息域全体を対象とした広域スケール、地域集団を対象と
した景観スケール、各生息地を対象とした局所スケールという空間的階層構造
を考慮し、遺伝的基盤と個体群動態の二つの視点から保全生態学的研究を進め
ることで包括的な種の保全策の提案に結びつけた。本研究は、生物多様性に配
慮した環境保全型農業のあり方へ示唆を与えるとともに、絶滅が危惧される国
内外の両生類の保全計画立案のモデルケースとして意義深い研究であり、学術
的および応用的に重要な成果として高く評価できる。よって、審査委員一同は、
本論文が博士(農学)の学位論文として価値あるものと認めた。

参考文献

Abdul-Muneer, P.M., 2014. Application of microsatellite markers in conservation genetics and

fisheries management: recent advances in population structure analysis and conservation strategies.

Genet. Res. Int. 2014, 691759.

Allendorf, F.W., Luikart, G., 2007. Conservation and the genetics of populations 2nd ed. Blackwell

Publishing, Malden.

Allentoft, M.E., O’Brien, J., 2010. Global amphibian declines, loss of genetic diversity and fitness: A

review. Diversity 2, 47–71.

Amilhat, E., Lorenzen, K., 2005. Habitat use, migration pattern and population dynamics of chevron

snakehead Channa striata in a rainfed rice farming landscape. J. Fish Biol. 67, 23–34.

Andersen, L.W., Fog, K., Damgaard, C., 2004. Habitat fragmentation causes bottlenecks and

inbreeding in the European tree frog (Hyla arborea). Proc. Biol. Sci. 271, 1293–1302.

Angelone, S., Kienast, F., Holderegger, R., 2011. Where movement happens: scale-dependent

landscape effects on genetic differentiation in the European tree frog. Ecography 34, 714–722.

東淳樹, 武内和彦, 1998. 谷津環境におけるカエル類の個体数密度と環境要因の関係. ランド

スケープ研究 62, 573–576.

Baguette, M., Blanchet, S., Legrand, D., Stevens, V.M., Turlure, C., 2013. Individual dispersal,

landscape connectivity and ecological networks. Biol. Rev. Camb. Philos. Soc. 88, 310–326.

Bartoń, K., 2019. MuMIn: Multi-Model Inference. R package version 1.43. 6.

Bates, D., Mächler, M., Bolker, B.M., Walker, S.C., 2015. Fitting linear mixed-effects models using

lme4. J. Stat. Softw. 67, 1–48.

Becker, C.G., Fonseca, C.R., Haddad, C.F.B., Batista, R.F., Prado, P.I., 2007. Habitat split and the

global decline of amphibians. Science 318, 1775–1777.

Becker, C.G., Fonseca, C.R., Haddad, C.F.B., Prado, P.I., 2010. Habitat split as a cause of local

population declines of amphibians with aquatic larvae. Conserv. Biol. 24, 287–294.

Beven, K.J., Kirkby, M.J., 1979. A physically based, variable contributing area model of basin

hydrology. Hydrological Sciences 24, 43–69.

Bishop-Taylor, R., Tulbure, M.G., Broich, M., 2015. Surface water network structure, landscape

resistance to movement and flooding vital for maintaining ecological connectivity across

Australia’s largest river basin. Landsc. Ecol. 30, 2045–2065.

Blank, L., Blaustein, L., 2012. Using ecological niche modeling to predict the distributions of two

endangered amphibian species in aquatic breeding sites. Hydrobiologia 693, 157–167.

Blaustein, A.R., Wake, D.B., Sousa, W.P., 1994. Amphibian declines: judging stability, persistence,

and susceptibility of populations to local and global extinctions. Conserv. Biol. 8, 60–71.

88

Bosch, J., Martı́nez-Solano, I., Garcıá -Parıś , M., 2001. Evidence of a chytrid fungus infection involved

in the decline of the common midwife toad (Alytes obstetricans) in protected areas of central

Spain. Biol. Conserv. 97, 331–337.

Bouzat, J.L., 2010. Conservation genetics of population bottlenecks: the role of chance, selection, and

history. Conserv. Genet. 11, 463–478.

Brinson, M.M., Malvárez, A.I., 2002. Temperate freshwater wetlands: types, status, and threats.

Environ. Conserv. 29, 115–133.

Buckley, J., Beebee, T.J.C., 2004. Monitoring the conservation status of an endangered amphibian: the

natterjack toad Bufo calamita in Britain. Anim. Conserv. 7, 221–228.

Burnham, K.P., Anderson, D.R., 2002. A practical information-theoretic approach. Model selection

and multimodel inference, 2nd ed, Springer, New York 2.

Carey, C., Alexander, M.A., 2003. Climate change and amphibian declines: is there a link? Diversity

and Distributions 9, 111–121.

Carroll, C., McRae, B.H., Brookes, A., 2012. Use of linkage mapping and centrality analysis across

habitat gradients to conserve connectivity of gray wolf populations in western North America.

Conserv. Biol. 26, 78–87.

Cayuela, H., Arsovski, D., Bonnaire, E., Duguet, R., Joly, P., Besnard, A., 2016. The impact of severe

drought on survival, fecundity, and population persistence in an endangered amphibian. Ecosphere

7, e01246.

Christie, A.P., Amano, T., Martin, P.A., Petrovan, S.O., Shackelford, G.E., Simmons, B.I., Smith,

R.K., Williams, D.R., Wordley, C.F.R., Sutherland, W.J., 2020. The challenge of biased evidence

in conservation. Conserv. Biol. https://doi.org/10.1111/cobi.13577

Clark, J.A., May, R.M., 2002. Taxonomic bias in conservation research. Science 297, 191–192.

Collins, J.P., Storfer, A., 2003. Global amphibian declines: sorting the hypotheses. Diversity and

Distributions 9, 89–98.

Cornuet, J.M., Luikart, G., 1996. Description and power analysis of two tests for detecting recent

population bottlenecks from allele frequency data. Genetics 144, 2001–2014.

Cornuet, J.-M., Pudlo, P., Veyssier, J., Dehne-Garcia, A., Gautier, M., Leblois, R., Marin, J.-M.,

Estoup, A., 2014. DIYABC v2.0: a software to make approximate Bayesian computation

inferences about population history using single nucleotide polymorphism, DNA sequence and

microsatellite data. Bioinformatics 30, 1187–1189.

Cornuet, J.-M., Santos, F., Beaumont, M.A., Robert, C.P., Marin, J.-M., Balding, D.J., Guillemaud, T.,

Estoup, A., 2008. Inferring population history with DIY ABC: a user-friendly approach to

approximate Bayesian computation. Bioinformatics 24, 2713–2719.

89

Correia, A.T., Hamer, P., Carocinho, B., Silva, A., 2014. Evidence for meta-population structure of

Sardina pilchardus in the Atlantic Iberian waters from otolith elemental signatures of a strong

cohort. Fish. Res. 149, 76–85.

Crosby, M.K.A., Licht, L.E., Fu, J., 2009. The effect of habitat fragmentation on finescale population

structure of wood frogs (Rana sylvatica). Conserv. Genet. 10, 1707–1718.

Cushman, S. A., 2006. Effects of habitat loss and fragmentation on amphibians: A review and

prospectus. Biol. Conserv. 128, 231–240.

Davidson, C., Knapp, R.A., 2007. Multiple stressors and amphibian declines: dual impacts of

pesticides and fish on yellow-legged frogs. Ecol. Appl. 17, 587–597.

DeSalle, R., Amato, G., 2004. The expansion of conservation genetics. Nat. Rev. Genet. 5, 702–712.

Dixo, M., Metzger, J.P., Morgante, J.S., Zamudio, K.R., 2009. Habitat fragmentation reduces genetic

diversity and connectivity among toad populations in the Brazilian Atlantic Coastal Forest. Biol.

Conserv. 142, 1560–1569.

Donald, P.F., 2004. Biodiversity impacts of some agricultural commodity production systems.

Conserv. Biol. 18, 17–37.

Dudaniec, R.Y., Rhodes, J.R., Worthington Wilmer, J., Lyons, M., Lee, K.E., McAlpine, C. a.,

Carrick, F.N., 2013. Using multilevel models to identify drivers of landscape-genetic structure

among management areas. Mol. Ecol. 22, 3752–3765.

Earl, D.A., vonHoldt, B.M., 2012. STRUCTURE HARVESTER: a website and program for

visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method. Conserv. Genet. Resour.

4, 359–361.

Elphick, C.S., 2000. Functional equivalency between rice fields and seminatural wetland habitats.

Conserv. Biol. 14, 181–191.

Estoup, A., Jarne, P., Cornuet, J.-M., 2002. Homoplasy and mutation model at microsatellite loci and

their consequences for population genetics analysis. Mol. Ecol. 11, 1591–1604.

Evanno, G., Regnaut, S., Goudet, J., 2005. Detecting the number of clusters of individuals using the

software STRUCTURE: a simulation study. Mol. Ecol. 14, 2611–2620.

Fahrig, L., 2003. Effects of Habitat Fragmentation on Biodiversity. Annu. Rev. Ecol. Evol. Syst. 34,

487–515.

Ficetola, G.F., Maiorano, L., 2016. Contrasting effects of temperature and precipitation change on

amphibian phenology, abundance and performance. Oecologia 181, 683–693.

Fischer, J., Lindenmayer, D.B., 2007. Landscape modification and habitat fragmentation: a synthesis.

Glob. Ecol. Biogeogr. 16, 265–280.

90

Fisher, M.C., Garner, T.W.J., 2007. The relationship between the emergence of Batrachochytrium

dendrobatidis, the international trade in amphibians and introduced amphibian species. Fungal

Biol. Rev. 21, 2–9.

Fort, J., Pettex, E., Tremblay, Y., Lorentsen, S.-H., Garthe, S., Votier, S., Pons, J.B., Siorat, F.,

Furness, R.W., Grecian, W.J., Others, 2012. Meta-population evidence of oriented chain migration

in northern gannets (Morus bassanus). Front. Ecol. Environ. 10, 237–242.

Fujioka, M., Lane, S.J., 1997. The impact of changing irrigation practices in rice fields on frog

populations of the Kanto Plain, central Japan. Ecol. Res. https://doi.org/10.1007/BF02523615

Funk, W.C., Blouin, M.S., Corn, P.S., Maxell, B.A., Pilliod, D.S., Amish, S., Allendorf, F.W., 2005.

Population structure of Columbia spotted frogs (Rana luteiventris) is strongly affected by the

landscape. Mol. Ecol. 14, 483–496.

Gehring, P.-S., Pabijan, M., Randrianirina, J.E., Glaw, F., Vences, M., 2012. The influence of riverine

barriers on phylogeographic patterns of Malagasy reed frogs (Heterixalus). Mol. Phylogenet.

Evol. 64, 618–632.

Gilbert-Norton, L., Wilson, R., Stevens, J.R., Beard, K.H., 2010. A meta-analytic review of corridor

effectiveness. Conserv. Biol. 24, 660–668.

Goudet, J., 1995. FSTAT (Version1.2). A computer program to calculate F-Statistics. J. Hered. 86,

485–486.

Gregory, A.J., Beier, P., 2014. Response variables for evaluation of the effectiveness of conservation

corridors. Conserv. Biol. 28, 689–695.

Hamer, A.J., McDonnell, M.J., 2008. Amphibian ecology and conservation in the urbanising world: A

review. Biol. Conserv. 141, 2432–2449.

Hansen, N.A., Scheele, B.C., Driscoll, D.A., Lindenmayer, D.B., 2019. Amphibians in agricultural

landscapes: the habitat value of crop areas, linear plantings and remnant woodland patches. Anim.

Conserv. 22, 72–82.

Herzon, I., Helenius, J., 2008. Agricultural drainage ditches, their biological importance and

functioning. Biol. Conserv. 141, 1171–1183.

Jennings, M.R., Hayes, M.P., 1985. Pre-1900 Overharvest of California red-legged frogs (Rana

aurora draytonii): The inducement for bullfrog (Rana catesbeiana) introduction. Herpetologica

41, 94–103.

Johansson, M., Primmer, C.R., Sahlsten, J., Merila, J., 2005. The influence of landscape structure on

occurrence, abundance and genetic diversity of the common frog, Rana temporaria. Glob. Chang.

Biol. 11, 1664–1679.

91

Joly, P., 2019. Behavior in a changing landscape: Using movement ecology to inform the conservation

of pond-breeding amphibians. Frontiers in Ecology and Evolution 7, 155.

神蔵勝明, 小林巖男, 池田雄彦, 遠藤満久, 2013. ジオパーク解説書 佐渡島の自然(地学

編). 佐渡市教育委員会・佐渡ジオパーク推進協議会, 175-189.

Kassambara, A., 2018. ggpubr:“ggplot2” based publication ready plots. R package version 0. 1 7.

Katano, O., Hosoya, K., Iguchi, K., Yamaguchi, M., Aonuma, Y., Kitano, S., 2003. Species diversity

and abundance of freshwater fishes in irrigation ditches around rice fields. Environ. Biol. Fishes

66, 107–121.

Katayama, N., Baba, Y.G., Kusumoto, Y., Tanaka, K., 2015. A review of post-war changes in rice

farming and biodiversity in Japan. Agric. Syst. 81, 1–12.

Kato, N., Yoshio, M., Kobayashi, R., Miyashita, T., 2010. Differential responses of two anuran

species breeding in rice fields to landscape composition and spatial scale. Wetlands 30, 1171–1179.

Katoh, K., Sakai, S., Takahashi, T., 2009. Factors maintaining species diversity in satoyama, a

traditional agricultural landscape of Japan. Biol. Conserv. 142, 1930–1936.

Kats, L.B., Ferrer, R.P., 2003. Alien predators and amphibian declines: review of two decades of

science and the transition to conservation. Diversity and Distributions 9, 99–110.

Keely, C.C., Hale, J.M., Heard, G.W., Parris, K.M., Sumner, J., Hamer, A.J., Melville, J., 2015.

Genetic structure and diversity of the endangered growling grass frog in a rapidly urbanizing

region. R Soc Open Sci 2, 140255.

Kidera, N., Kadoya, T., Yamano, H., Takamura, N., Ogano, D., Wakabayashi, T., Takezawa, M.,

Hasegawa, M., 2018. Hydrological effects of paddy improvement and abandonment on amphibian

populations; long-term trends of the Japanese brown frog, Rana japonica. Biol. Conserv. 219, 96–

104.

Kilpatrick, A.M., Briggs, C.J., Daszak, P., 2010. The ecology and impact of chytridiomycosis: an

emerging disease of amphibians. Trends Ecol. Evol. 25, 109–118.

Kiritani, K., 2000. Integrated biodiversity management ( IBM ) in rice fields. Integr. Pest Manage.

Rev. 5, 175–183.

桐谷圭治, 2010. 田んぼの生きもの全種リスト. 生物多様性農業支援センター 農と自然の研

究所.

岸本圭子, 満尾世志人, 2020. 佐渡島固有種サドガエルの保全に向けて. 爬虫両棲類学報. 2,

178-185

Knapp, R.A., Matthews, K.R., 2000. Non-native fish introductions and the decline of the mountain

yellow-legged frog from within protected areas. Conserv. Biol. 14, 428–438.

92

Kobayashi, R., 2014. Column: Sado wrinkled frog: An alternative symbol for wildlife-friendly

farming on Sado Island?, in: Usio, N., Miyashita, T. (Eds.), Social-Ecological Restoration in

Paddy-Dominated Landscapes. Springer Japan, Tokyo, pp. 115–121.

Korner-Nievergelt, F., Roth, T., von Felten, S., Guélat, J., Almasi, B., Korner-Nievergelt, P., 2015.

Bayesian Data Analysis in Ecology Using Linear Models with R, BUGS, and Stan. Academic

Press, Amsterdam, Netherlands.

Koshida, C., Katayama, N., 2018. Meta-analysis of the effects of rice-field abandonment on

biodiversity in Japan. Conserv. Biol. 32, 1392–1402.

Kraaijeveld-Smit, F.J.L., Beebee, T.J.C., Griffiths, R. a., Moore, R.D., Schley, L., 2005. Low gene

flow but high genetic diversity in the threatened Mallorcan midwife toad Alytes muletensis. Mol.

Ecol. 14, 3307–3315.

Kuussaari, M., Bommarco, R., Heikkinen, R.K., Helm, A., Krauss, J., Lindborg, R., Ockinger, E.,

Pärtel, M., Pino, J., Rodà, F., Stefanescu, C., Teder, T., Zobel, M., Steffan-Dewenter, I., 2009.

Extinction debt: a challenge for biodiversity conservation. Trends Ecol. Evol. 24, 564–571.

Lannoo, M.J., Lang, K., Waltz, T., Phillips, G.S., 1994. An altered amphibian assemblage: Dickinson

County, Iowa, 70 years after Frank Blanchard’s survey. Am. Midl. Nat. 131, 311–319.

Laurance, W.F., 2008. Theory meets reality: How habitat fragmentation research has transcended

island biogeographic theory. Biol. Conserv. 141, 1731–1744.

Lawler, S.P., 2001. Rice fields as temporary wetlands: A review. Isr. J. Zool. 47, 513–528.

Lee-Yaw, J. A., Davidson, A., McRae, B.H., Green, D.M., 2009. Do landscape processes predict

phylogeographic patterns in the wood frog? Mol. Ecol. 18, 1863–1874.

Li, R., Chen, W., Tu, L., Fu, J., 2009. Rivers as barriers for high elevation amphibians: a

phylogeographic analysis of the alpine stream frog of the Hengduan Mountains. J. Zool. 277, 309–

316.

Lian, C.L., Wadud, M.A., Geng, Q., Shimatani, K., Hogetsu, T., 2006. An improved technique for

isolating codominant compound microsatellite markers. J. Plant Res. 119, 415–417.

Lin, H.D., Chen, Y.R., Lin, S.M., 2012. Strict consistency between genetic and topographic

landscapes of the brown tree frog (Buergeria robusta) in Taiwan. Mol. Phylogenet. Evol. 62,

251–262.

Lüdecke, D., 2018. ggeffects: Tidy data frames of marginal effects from regression models. J. Open

Source Softw. 3, 772.

Lüdecke, D., Makowski, D., Waggoner, P., Patil, I., 2020. Assessment of regression models

performance. CRAN. R package version 0. 4 8.

93

Luo, Y., Fu, H., Traore, S., 2014. Biodiversity conservation in rice paddies in China: Toward

ecological sustainability. Sustainability (Switzerland) 6, 6107–6124.

Marrotte, R.R., Gonzalez, A., Millien, V., 2014. Landscape resistance and habitat combine to provide

an optimal model of genetic structure and connectivity at the range margin of a small mammal.

Mol. Ecol. 23, 3983–3998.

松井正文, 前田憲男, 2018. 日本産カエル大鑑. 文一総合出版, 272.

Mazerolle, M.J., 2005. Drainage ditches facilitate frog movements in a hostile landscape. Landsc.

Ecol. 20, 579–590.

Mazerolle, M.J., Desrochers, A., 2005. Landscape resistance to frog movements. Can. J. Zool. 83,

455–464.

Mazerolle, M.J., Desrochers, A., Rochefort, L., 2005. Landscape characteristics influence pond

occupancy by frogs after accounting for detectability. Ecol. Appl. 15, 824–834.

McCartney-Melstad, E., Shaffer, H.B., 2015. Amphibian molecular ecology and how it has informed

conservation. Mol. Ecol. 24, 5084–5109.

McRae, B.H., 2006. Isolation by resistance. Evolution 60, 1551–1561.

McRae, B.H., Beier, P., 2007. Circuit theory predicts gene flow in plant and animal populations. Proc.

Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104, 19885–19890.

McRae, B.H., Dickson, B.G., Keitt, T.H., Shah, V.B., 2008. Using circuit theory to model connectivity

in ecology, evolution, and conservation. Ecology 89, 2712–2724.

皆川明子, 2009. 田んぼが育む淡水魚とその保全, in: 水谷正一, 森淳(Eds.), 春の小川の淡

水魚-その生息場と保全. 学報社, 31–62.

Moore, J.A., Tallmon, D.A., Nielsen, J., Pyare, S., 2011. Effects of the landscape on boreal toad gene

flow: does the pattern--process relationship hold true across distinct landscapes at the northern

range margin? Mol. Ecol. 20, 4858–4869.

Moritz, C., 1999. Conservation units and translocations: Strategies for conserving evolutionary

processes. Hereditas 130, 217–228.

守山弘., 1997. 水田を守るとはどういうことか. 農山漁村文化協会, 東京.

Natuhara, Y., 2013. Ecosystem services by paddy fields as substitutes of natural wetlands in Japan.

Ecol. Eng. 56, 97–106.

新潟県佐渡市, 2012. 佐渡島環境大全 改訂版. 新潟県佐渡市, 88-90

Nowakowski, a. J., Otero Jiménez, B., Allen, M., Diaz-Escobar, M., Donnelly, M. a., 2013. Landscape

resistance to movement of the poison frog, Oophaga pumilio, in the lowlands of northeastern Costa

Rica. Anim. Conserv. 16, 188–197.

94

Ocock, J.F., Kingsford, R.T., Penman, T.D., Rowley, J.J.L., 2014. Frogs during the flood: Differential

behaviours of two amphibian species in a dryland floodplain wetland. Austral Ecol. 39, 929–940.

Ohtani, H., Sekiya, K., Ogata, M., Miura, I., 2012. The postzygotic isolation of a unique morphotype

of frog Rana rugosa (Ranidae) found on Sado Island, Japan. J. Herpetol. 46, 325–330.

大澤啓志, 島田正文, 勝野武彦, 2005. 平地水田地帯の畦畔利用におけるトウキョウダルマガ

エルの個体数密度を規定する要因. 農村計画学会誌 24, 91–102.

Palsbøll, P.J., Bérubé, M., Allendorf, F.W., 2007. Identification of management units using population

genetic data. Trends Ecol. Evol. 22, 11–16.

Parsley, M.B., Torres, M.L., Banerjee, S.M., Tobias, Z.J.C., Goldberg, C.S., Murphy, M.A., Mims,

M.C., 2020. Multiple lines of genetic inquiry reveal effects of local and landscape factors on an

amphibian metapopulation. Landsc. Ecol. 35, 319–335.

Peakall, R.O.D., Smouse, P.E., 2006. GENALEX 6: Genetic analysis in Excel. Population genetic

software for teaching and research. Mol. Ecol. Notes 6, 288–295.

Pereira, H.M., Navarro, L.M., Martins, I.S., 2012. Global Biodiversity Change: The Bad, the Good,

and the Unknown. Annu. Rev. Environ. Resour. 37, 25–50

Picco, A.M., Collins, J.P., 2008. Amphibian commerce as a likely source of pathogen pollution.

Conserv. Biol. 22, 1582–1589.

Pierluissi, S., 2010. Breeding waterbirds in rice fields: A global review. Waterbirds 33, 123–132.

Piry, S., Luikart, G., Cornuet, J.-M., 1999. Computer note. BOTTLENECK: a computer program for

detecting recent reductions in the effective size using allele frequency data. J. Hered. 90, 502–503.

Pittman, S.E., Osbourn, M.S., Semlitsch, R.D., 2014. Movement ecology of amphibians: A missing

component for understanding population declines. Biol. Conserv. 169, 44–53.

Poorten, T.J., Knapp, R.A., Rosenblum, E.B., 2017. Population genetic structure of the endangered

Sierra Nevada yellow-legged frog (Rana sierra) in Yosemite National Park based on multi-locus

nuclear data from swab samples. Conserv. Genet. 18, 731–744.

Pritchard, J.K., Stephens, M., Donnelly, P., 2000. Inference of population structure using multilocus

genotype data. Genetics 155, 945–959.

Ramstad, K.M., Woody, C.A., Sage, G.K., Allendorf, F.W., 2004. Founding events influence genetic

population structure of sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) in Lake Clark, Alaska. Mol. Ecol.

13, 277–290.

Rannala, B., 2007. BayesAss edition 3.0 user’s manual. Univ. Calif. Davis Law Rev.

Reed, D.H., Frankham, R., 2003. Correlation between Fitness and Genetic Diversity. Conserv. Biol.

17, 230–237.

95

Richards, S.A., 2007. Dealing with overdispersed count data in applied ecology: Overdispersed count

data. J. Appl. Ecol. 45, 218–227.

Richardson, J.L., 2012. Divergent landscape effects on population connectivity in two co-occurring

amphibian species. Mol. Ecol. 21, 4437–4451.

Riley, S.P.D., Busteed, G.T., Kats, L.B., Vandergon, T.L., Lee, L.F.S., Dagit, R.G., Kerby, J.L.,

Fisher, R.N., Sauvajot, R.M., 2005. Effects of urbanization on the distribution and abundance of

amphibians and invasive species in southern California streams. Conserv. Biol. 19, 1894–1907.

Rittenhouse, T.A.G., Semlitsch, R.D., 2007. Distribution of amphibians in terrestrial habitat

surrounding wetlands. Wetlands 27, 153–161.

Rousset, F., 1997. Genetic differentiation and estimation of gene flow from F-statistics under isolation

by distance. Genetics 145, 1219–1228.

Rousset, F., 2008. GENEPOP '007: a complete re‐implementation of the GENEPOP software for

Windows and Linux. Mol. Ecol. Res. 8, 103-106

Rozas, J., Ferrer-Mata, A., Sánchez-DelBarrio, J.C., Guirao-Rico, S., Librado, P., Ramos-Onsins, S.E.,

Sánchez-Gracia, A., 2017. DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets. Mol.

Biol. Evol. 34, 3299–3302.

Rozas, J., Rozas, R., 1995. DnaSP, DNA sequence polymorphism: an interactive program for

estimating population genetics parameters from DNA sequence data. Comput. Appl. Biosci. 11,

621–625.

Saccheri, I., Kuussaari, M., Kankare, M., Vikman, P., Fortelius, W., Hanski, I., 1998. Inbreeding and

extinction in a butterfly metapopulation. Nature 392, 491–494.

斉藤憲治, 片野修., 小泉顕雄, 1988. 淡水魚の水田周辺における一時的水域への侵入と産卵.

日本生態学会誌 38, 35–47.

Sánchez-Montes, G., Wang, J., Ariño, A.H., Martínez-Solano, Í., 2018. Mountains as barriers to gene

flow in amphibians: Quantifying the differential effect of a major mountain ridge on the genetic

structure of four sympatric species with different life history traits. J. Biogeogr. 45, 318–331.

Sekiya, K., Miura, I., Ogata, M., 2012. A new frog species of the genus Rugosa from Sado Island,

Japan (Anura, Ranidae). Zootaxa 62, 49–62.

Sekiya, K., Ohtani, H., Ogata, M., Miura, I., 2010. Phyletic diversity in the frog Rana rugosa (Anura:

Ranidae) with special reference to a unique morphotype found from Sado Island, Japan. Curr.

Herpetol. 29, 69–78.

Selkoe, K.A., Toonen, R.J., 2006. Microsatellites for ecologists: a practical guide tousing and

evaluating microsatellite markers. Ecol. Lett. 9, 615–629.

96

Shine, R., Bonnet, X., 2000. Snakes: a new ‘model organism’in ecological research? Trends Ecol.

Evol. 15, 221–222.

Sjögren, P.E.R., 1991. Extinction and isolation gradients in metapopulations: the case of the pool frog

(Rana lessonae). Biol. J. Linn. Soc. Lond. 42, 135–147.

Smith, M.A., Green, D.M., 2005. Dispersal and the metapopulation paradigm in amphibian ecology

and conservation: are all amphibian populations metapopulations? Ecography 28, 110–128.

Smith, M.A., Green, D.M., 2004. Phylogeography of Bufo fowleri at its northern range limit. Mol.

Ecol. 13, 3723–3733.

Sodhi, N.S., Bickford, D., Diesmos, A.C., Lee, T.M., Koh, L.P., Brook, B.W., Sekercioglu, C.H.,

Bradshaw, C.J.A., 2008. Measuring the meltdown: drivers of global amphibian extinction and

decline. PLoS One 3, e1636.

Sørensen, R., Zinko, U., Seibert, J., 2006. On the calculation of the topographic wetness index:

evaluation of different methods based on field observations. Hydrol. Earth Syst. Sci. 10, 101–112.

Stevens, V.M., Baguette, M., 2008. Importance of habitat quality and landscape connectivity for the

persistence of endangered natterjack toads. Conserv. Biol. 22, 1194–1204.

Stuart, S.N., Chanson, J.S., Cox, N. a., Young, B.E., Rodrigues, A.S.L., Fischman, D.L., Waller,

R.W., 2004. Status and trends of amphibian declines and extinctions worldwide. Science 306,

1783–1786.

Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S., 2011. MEGA5: molecular

evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum

parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 28, 2731–2739.

Tockner, K., Pusch, M., Borchardt, D., Lorang, M.S., 2010. Multiple stressors in coupled river–

floodplain ecosystems. Freshw. Biol. 55, 135–151.

Tomizawa, Y., Tsuda, Y., Saleh, M.N., Wee, A.K.S., Takayama, K., Yamamoto, T., Yllano, O.B.,

Salmo, S.G., III, Sungkaew, S., Adjie, B., Ardli, E., Suleiman, M., Tung, N.X., Soe, K.K.,

Kandasamy, K., Asakawa, T., Watano, Y., Baba, S., Kajita, T., 2017. Genetic structure and

population demographic history of a widespread mangrove plant Xylocarpus granatum J. Koenig

across the Indo-West Pacific region. For. Trees Livelihoods 8, 480.

Trenham, P.C., Shaffer, H.B., 2005. Amphibian upland habitat use and its consequences for

population viability. Ecol. Appl. 15, 1158–1168.

Turvey, S.T., Chen, S., Tapley, B., Wei, G., Xie, F., Yan, F., Yang, J., Liang, Z., Tian, H., Wu, M.,

Okada, S., Wang, J., Lü, J., Zhou, F., Papworth, S.K., Redbond, J., Brown, T., Che, J.,

Cunningham, A.A., 2018. Imminent extinction in the wild of the world’s largest amphibian. Curr.

Biol. 28, R592–R594.

97

内田和子, 1991. 佐渡島・国中平野の水害地形と洪水パターン. 水利科学 35, 25–56.

Unger, S., 2013. A comparison of sperm health in declining and stable populations of Hellbenders

(Cryptobranchus alleganiensis alleganiensis and Ca bishopi). Am. Midl. Nat. 170, 382–392.

宇留間悠香, 小林頼太, 西嶋翔太, 宮下直., 2012. 空間構造を考慮した環境保全型農業の影響

評価: 佐渡島における両生類の事例. 保全生態学研究. 164, 155–164.

Usio, N., 2014. Environmentally friendly farming in Japan: Introduction, in: Usio, N., Miyashita, T.

(Eds.), Social-Ecological Restoration in Paddy-Dominated Landscapes. Springer Japan, Tokyo,

pp. 69–86.

Valdez, J.W., Stockwell, M.P., Klop-Toker, K., Clulow, S., Clulow, J., Mahony, M.J., 2015. Factors

driving the distribution of an endangered amphibian toward an industrial landscape in Australia.

Biol. Conserv. 191, 520–528.

van Uhm, D.P., 2016. The Illegal Wildlife Trade: Inside the World of Poachers, Smugglers and

Traders. Springer.

Vredenburg, V.T., 2004. Reversing introduced species effects: Experimental removal of introduced

fish leads to rapid recovery of a declining frog. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 101, 7646–7650.

Wake, D.B., Vredenburg, V.T., 2008. Are we in the midst of the sixth mass extinction? A view from

the world of amphibians. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 105, 11466–11473.

Wang, I.J., 2010. Recognizing the temporal distinctions between landscape genetics and

phylogeography. Mol. Ecol. 19, 2605–2608.

Wang, I.J., 2011. Choosing appropriate genetic markers and analytical methods for testing landscape

genetic hypotheses. Mol. Ecol. 20, 2480–2482.

Warnes, G.R., Bolker, B., Lumley, T., Warnes, M.G.R., Imports, M., 2018. Package ‘gmodels.’

http://cran.r-project.org/web/packages/gmodels/index.html

Watabe, K., Mori, A., Koizumi, N., Takemura, T., 2010. Fundamental experiments to develop ecofriendly techniques for conserving frog habitat in paddy areas. Japan Agricultural Research

Quarterly: JARQ 44, 405–413.

渡部恵司, 森淳., 小出水規行, 竹村武士, 西田一也, 2013. カエル類のコンクリート水路への

転落と脱出工の現状と課題. 農業農村工学会誌 81, 887-891.

Watari, Y., Nishijima, S., Fukasawa, M., Yamada, F., Abe, S., Miyashita, T., 2013. Evaluating the

“recovery level” of endangered species without prior information before alien invasion. Ecol. Evol.

3, 4711–4721.

Wickham, H., 2011. The split-apply-combine strategy for data analysis. J. Stat. Softw. 40, 1–29.

Wickham, H., 2016. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. Springer.

98

Wickham, H., 2017. stringr: Simple, consistent wrappers for common string operations. R package

version 1.

Wickham, H., Averick, M., Bryan, J., Chang, W., McGowan, L.D., François, R., Grolemund, G.,

Hayes, A., Henry, L., Hester, J., Others, 2019. Welcome to the Tidyverse. J. Open Source Softw.

4, 1686.

Willson, J.D., Hopkins, W.A., 2013. Evaluating the effects of Anthropogenic stressors on source-sink

dynamics in pond-breeding amphibians. Conserv. Biol. 27, 595–604.

Wilson, G.A., Rannala, B., 2003. Bayesian inference of recent migration rates using multilocus

genotypes. Genetics 163, 1177–1191.

Wright, S., 1943. Isolation by Distance. Genetics 28, 114–138.

Wyman, R.L., 1988. Soil acidity and moisture and the distribution of amphibians in five forests of

southcentral New York. Copeia 1988, 394-399.

Yap, T.A., Nguyen, N.T., Serr, M., Shepack, A., Vredenburg, V.T., 2017. Batrachochytrium

salamandrivorans and the risk of a second amphibian pandemic. EcoHealth 14, 851–864.

Young, A., Boyle, T., Brown, T., 1996. The population genetic consequences of habitat fragmentation

for plants. Trends Ecol. Evol. 11, 413–418.

Zeigler, S.L., Fagan, W.F., 2014. Transient windows for connectivity in a changing world. Mov Ecol

2, 1.

Zhang, D.-X., Hewitt, G.M., 2003. Nuclear DNA analyses in genetic studies of populations: practice,

problems and prospects. Mol. Ecol. 12, 563–584.

99

謝辞

本研究を行うにあたって、多くの方々にご協力いただいたことに深く感謝致します。指導

教員の吉田薫教授には本研究を遂行し学位論文をまとめるにあたり、懇切丁寧にご教授いた

だき、多くのご支援とご指導を賜りました。優しく見守り励ましてくださったこと、深く感

謝しております。曽我昌史准教授には、本研究の解析や論文の執筆について、多大なご支援

とご指導を賜りました。先生の日々の研究への姿勢が励みになりました。今後の研究生活の

道標とさせていただきます。道半ばにして諦めかけた本研究を遂行できたのは両先生のおか

げです。厚く御礼申し上げます。

本研究を遂行するにあたり、瀧本岳准教授には研究だけでなく私生活等多岐にわたりご支

援とご指導を賜りました。辛抱強く見守ってくださったこと、深く感謝しております。藤田

剛助教授には入学時から多くのご支援とご指導を頂きました。心より御礼申し上げます。

野外調査を行うにあたり、東京環境工科専門学校(元新潟大学研究推進機構超域学術院朱

鷺・自然再生学研究センター・特任助教)の小林頼太博士、新潟大学の関谷國男博士には手

厚いご支援を賜りました。水田の調査には近藤敬一氏、矢田徹夫氏、土屋健一氏、齋藤真一

郎氏を始めとした多くの農家の方々にご協力いただきました。佐渡島に滞在中は朱鷺・自然

再生学センターの職員の方々、トキ交流会館の職員の方々、佐渡島の島民の方々に多くのご

協力をいただきました。心より御礼申し上げます。

佐渡島の地形データや水田についての情報におきましては、多大なご支援を賜りました新

潟県土地改良事業団体連合会技術情報課の高橋利政課長、佐渡支部の神田浩和事務所長、な

らびに同センターでご支援を賜りました方々に深く感謝しております。多くのご支援を賜り

ました新潟県農地部農村環境課農村整備係の久保田季樹主任には深く感謝しております。ま

た、佐渡島の国仲西部土地改良区、国府川左岸土地改良区、金井土地改良区、新穂村土地改

良区の方々に多大なご支援を賜りました。心より御礼申し上げます。新潟県佐渡地域振興局

農林水産振興部の方々、ならびに佐渡市産業環境部の方々でご支援を賜りました方々に深く

感謝しております。心より御礼申し上げます。

遺伝解析におきましては、谷川明男博士、齊藤陽子准教授には多くのご支援とご協力を賜

りました。お二方には私生活においても多大なご支援を賜りました。心より御礼申し上げま

す。また、筑波大学生命環境系・山岳科学センター菅平高原実験所の津田吉晃准教授には遺

伝解析結果について多大なご支援とご指導を頂きました。深く感謝いたします。

100

GIS を用いた解析には土屋一彬助教授に多くのご支援を頂きました。心より御礼申し上げ

ます。

統計解析におきましては、オーストラリア国立大学 Maldwyn J. Evans 博士に多大なご支

援とご指導を賜りました。深く感謝いたします。

保全生態学研究室および生物多様性科学研究室の皆様には、多くの貴重なご意見や励まし

の言葉を賜りました。福島友晃氏には、野外調査における宿泊や食事、車の運転、調査の補

助、ならびに佐渡島の環境保全型農業に関する情報の提供等、本当にお世話になりました。

同期である筒井優氏には、野外調査やデータ整理、解析手法等、研究全般についての助言を

頂いたほか、波瀾万丈な日々を共有し、乗り ...

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