リケラボ論文検索は、全国の大学リポジトリにある学位論文・教授論文を一括検索できる論文検索サービスです。

リケラボ 全国の大学リポジトリにある学位論文・教授論文を一括検索するならリケラボ論文検索大学・研究所にある論文を検索できる

リケラボ 全国の大学リポジトリにある学位論文・教授論文を一括検索するならリケラボ論文検索大学・研究所にある論文を検索できる

大学・研究所にある論文を検索できる 「Studies on the comprehensive generation of various phyllotactic patterns with a predominant focus on uncommon phyllotaxes」の論文概要。リケラボ論文検索は、全国の大学リポジトリにある学位論文・教授論文を一括検索できる論文検索サービスです。

コピーが完了しました

URLをコピーしました

論文の公開元へ論文の公開元へ
書き出し

Studies on the comprehensive generation of various phyllotactic patterns with a predominant focus on uncommon phyllotaxes

米倉, 崇晃 東京大学 DOI:10.15083/0002004772

2022.06.22

概要

序論
 葉の茎周りの配列様式のことを葉序と呼ぶ。葉序のパターンは、シュート頂分裂組織辺縁部において、新たな葉原基が先行する原基とどのような位置関係で作られるかによって決定する。多くの植物は、二列互生、フィボナッチ螺生(開度が黄金角に近い螺生)、十字対生、三輪生といった限られた葉序パターンのいずれかをとる。この理由については古くから研究されてきており、先行する原基から離れた点に新たな原基を形成させる機構が窺われていた。
 このような機構を仮定した数理モデルの中で代表的なものにDouadyとCouderのモデル(DCモデル;互生に特化したDC1とより一般的なDC2)がある。DCモデルでは、原基が新たな原基形成を阻害する作用を周囲に及ぼし、それが原基形成位置を制御していると仮定している。DCモデルを用いたコンピュータシミュレーションにより、DC1が互生葉序の特徴の多くを再現できること、DC2が輪生を含む主要な葉序パターンを全て生成できること、パラメータの設定によって生じるパターンが切り替わることが明らかにされている。
 しかし、DCモデルでは説明のできない事象がいくつか存在する。その1つがコクサギ型葉序(図1A,B)の生成である。コクサギ型葉序は植物の遠く離れた分類群で散発的に見られることから、植物に共通の機構で形成されると考えられるが、DCモデルを用いたコンピュータシミュレーションでは、コクサギ型葉序の生成が見られていない。また、DCモデルは螺生におけるフィボナッチ螺生の優占を十分に説明できているとも言い難い。少なくともこれらの点で、DCモデルは不完全である。
 さらに、葉序の中には、従来のモデルで仮定されているような、阻害作用を基本とする機構では全く説明できないパターンも存在する。その最たるものがコスツス型葉序(図1C,D)である。コスツス型はショウガ目コスツス科に特有の螺生葉序で、開度が小さい急な螺旋に特徴がある。コスツス型のパターンは、葉同士が互いに離れて形成されるという基本則から逸脱しているため、葉序研究の「真の謎」と呼ばれている。
 こうしたことから、コクサギ型葉序とコスツス型葉序はいずれも、葉序パターンの包括的な生成機構を理解する上で重要な意味を持つと言える。そこで本研究では、これらの特異な葉序に着目し、その生成要件から、葉序パターン生成の枠組みの検討を行った。

結果と考察
1. コクサギ型葉序の生成要件
 コクサギ型葉序を示す代表的な植物種であるコクサギ(Orixa japonica)について、発達中の冬芽の形態学的解析を行い、葉原基が180°、90°、180°、270°の開度周期で1つずつ発生していることを確認した(図2A)。また、開度周期に合わせて葉間比が振動していることを捉えた(図2B)。DCモデルの理論的解析から、葉原基が発する阻害作用が一定であることが、コクサギ型葉序が成立しない原因となっていると考えられたため、阻害作用の原基齢依存的な変化を導入した拡張DCモデル(EDCモデル;DC1を拡張したEDC1とDC2を拡張したEDC2)を構築した。EDCモデルを用いたシミュレーションの結果、EDC2において、開度周期からコクサギ型と判断されるパターンの生成が、阻害作用の漸増の起こる、ある程度広いパラメータ空間で見られた(図3)。このパターンの葉間比が実際のコクサギの葉序と同様の振動を示したことからも、コクサギ型葉序の再現が裏付けられた。さらに阻害作用の原基齢依存的な増大を仮定したEDC2は、フィボナッチ螺生の優占をDCモデルよりよく説明できることも分かった。以上のことから、阻害作用の増大は、コクサギ型葉序を示す種だけではなく、植物一般に広く通底するものと考えられた。

2. 阻害作用の原基齢依存的増大の分子的背景
 葉原基発生の初発段階は、オーキシン濃度の高い細胞に向けてオーキシンを輸送する、極性輸送の再編と、それに伴うオーキシン集中部の自律的形成によって説明されている。このオーキシンモデルでは、オーキシン集中部が周囲からオーキシンを奪うことが、DCモデルの阻害作用に相当する。これより、EDCモデルにおける阻害作用の原基齢依存的な増大が、オーキシンを奪う範囲の拡大を反映している可能性を考えたが、オーキシン輸送特性を一定として検討した結果、タイムスケールが全く合わないことが判明した。そこで、阻害作用の増大に対応するよう、オーキシン輸送特性の原基齢依存的な変化を織り込んだオーキシンモデルを新たに構築し、シミュレーション解析により、コクサギ型葉序が生じる条件を探索した。しかし、コクサギ型に近いパターンが一過的に生成することはあったものの(図4)、どのような条件でも安定には至らなかった。このことから、コクサギ型葉序の安定化には、オーキシンに依らない別の機構も関与している可能性が示唆された。

3. コスツス型葉序の生成要件
 コスツス・メガロブラクテア(Costus megalobractea)の葉序の形態学的解析の結果、コスツス型葉序は小さい開度を持つとともに、極めて大きな葉間比を持つことが分かった(図5)。これらの特徴から、コスツス型葉序の生成では、原基形成の制御要因として阻害場だけではなく、葉原基によって形成されるなんらかの誘導場が関わっていることが示唆された。そのため、EDC2に仮想的な誘導作用を導入した誘導阻害モデル(YSモデル)を構築し、コンピュータシミュレーションを行った。ほとんどのパラメータ条件では葉原基自体ができないか、EDC2と全く同じパターンが生成するかのどちらかであったが、その境界の、原基形成阻害作用と原基形成誘導作用の漸増が拮抗するごく狭い条件で、コスツス型の葉序パターンが見られた(図6B)。この条件ではわずかな設定の違いにより、コスツス型だけでなく、偏二列互生も出現した(図6C)。この結果は、コスツス型も偏二列互生もショウガ目で見られる葉序パターンであることと符合しており、YSモデルを支持するものと考えられた。また、コスツス・メガロブラクテアの若い芽生えの茎頂を観察したところ、初期の葉では比較的大きかった開度が、後発の葉では小さくなっていたが、芽生えの成長過程に一般的なシュート頂分裂組織の拡大を想定すると、YSモデルでこの開度の変化が合理的に説明できた。このことからも、YSモデルの妥当性が支持された。

まとめと展望
 本研究により、原基形成阻害作用の原基齢依存的な増大が葉序パターンの生成の枠組みの一部をなしており、とくにコクサギ型葉序の成立には必須の要件となっていることが示された。また、原基形成阻害作用と原基形成誘導作用の原基齢依存的漸増が拮抗したときにコスツス型葉序が実現することが判明し、初めて誘導作用の存在が示唆された。今後、これらの実体の探究によって、葉序のパターンをもたらす根元的機構の理解がさらに深まることが期待される。

この論文で使われている画像

参考文献

Adler I. (1974). A model of compact pressure in phyllotaxis. J Theor Biol. 45: 1–79.

Bayer EM, Smith RS, Mandel T, Nakayama N, Sauer M, Prusinkiewicz, P, Kuhlemeier C. (2009). Integration of transport-based modelsfor phyllotaxis and midvein formation. Genes Dev. 23: 373–384.

Benková E, Michniewicz M, Sauer M, Teichmann T, Seifertová D, Jürgens G, Friml J. (2003), Local, efflux-dependent auxin gradient as a common module for plant organ formation. Cell. 115: 591–602.

Berger A. (1908). Liliaceae-Asphodeloideae-Aloinae. In: Engler A, editor. Das Pflanzenreich. Leipzig: Verlag von Wilhelm Engelmann; 33 Heft; IV, 38, III, II.

Bernasconi GP. (1994). Reaction-diffusion model for phyllotaxis. Physica D. 70: 90–99.

Besnard F, Refahi Y, Morin V, Marteaux B, Brunoud G, Chambrier P, Rozier F, Mirabet V, Legrand J, Lainé S, Thévenon E, Farcot E, Cellier C, Das P, Bishopp A, Dumas R, Parcy F, Helariutta Y, Boudaoud A, Godin C, Traas J, Guédon Y, Vernoux T. (2014). Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis. Nature. 505: 417-421.

Cheng Y, Dai X, Zhao Y. (2007). Auxin synthesized by the YUCCA flavin monooxygenases is essential for embryogenesis and leaf formation in Arabidopsis. Plant Cell. 19: 2430-2439.

Cole TCH, Hilger HH, Stevens P. (2019). Angiosperm phylogeny poster – Flowering plant systematics, 2019; 2019/2 with links to APweb.

Dan H, Imaseki H, Wasteneys GO, Kazama H. (2003). Ethylene stimulates endoreduplication but inhibits cytokinesis in cucumber hypocotyl epidermis. Plant Phys. 133: 1726-1731.

Douady S, Couder Y. (1992). Phyllotaxis as a physical self-organized growth process. Phys Rev Lett. 68: 2098–2101.

Douady S, Couder Y. (1996a). Phyllotaxis as a dynamical self organizing process Part I: The spiral modes resulting from time-periodic iterations. J Theor Biol. 178: 255–274.

Douady S, Couder Y. (1996b). Phyllotaxis as a dynamical self organizing process Part II: The spontaneous formation of a periodicity and the coexistence of spiral and whorled patterns. J Theor Biol. 178: 275–294.

Douady S, Couder Y. (1996c). Phyllotaxis as a dynamical self organizing process Part III: The simulation of the transient regimes of ontogeny. J Theor Biol. 178: 295–312.

Farhadifar R, Roper JC, Aigouy B, Eaton S, Julicher F. (2007). The influence of cell mechanics, cell-cell interactions, and proliferation on epithelial packing. Curr Biol. 17: 2095–2104.

Fletcher AG, Osterfield M, Baker RE, Shvartsman SY. (2014). Vertex models of epithelial morphogenesis. Biophys J. 106: 2291–2304.

Fozard JA, Lucas M, King JR, Jensen OE. (2013). Vertex element models for anisotropic growth of elongated plant organs. Frontiers Plant Sci. 4: 233.

Fujita H, Kawaguchi M. (2013). Pattern formation by two-layer Turing system with complementary synthesis. J Theor Biol. 322: 33–45.

Fujita H, Kawaguchi M. (2018). Spatial regularity control of phyllotaxis pattern generated by the mutual interaction between auxin and PIN1. PLOS Comp Biol. 14: e1006065.

Galvan-Ampudia CS, Cerutti G, Legrand J, Azais R, Brunoud G, Moussu S, Wenzl C, Lohmann JU, Godin C, Vernoux T. (2019). From spatio-temporal morphogenetic gradients to rhythmic patterning at the shoot apex. bioRxiv. 469718.

Goebel K. (1904). Die Entfaltungsbewegungen der Pflanzen und deren teleologische. Deutung. G. Fischer, Jena.

Goebel K. (1908). Organographie der Pflanzen. Vol. 1. G. Fischer, Jena.

Goldsmith MHM. (1966). Maintenance of polarity of auxin movement by basipetal transport. Plant Phys.41: 749-754.

Goldsmith MHM, Goldsmith TH, Martin MH. (1981). Mathematical analysis of the chemosmotic polar diffusion of auxin through plant tissues. PNAS. 78: 976-980.

Green PB. (1992). Pattern formation in shoots: a likely role for minimal energy configurations of the tunica. Int J Plant Sci. 153: S59–S75.

Green PB, Steele C, Rennich S. (1996). Phyllotactic patterns: A biophysical mechanism for their origin. Ann Bot. 77: 515–518.

Heisler MG, Bryne ME. (2020). Progress in understanding the role of auxin in lateral organ development in plants. Curr Opin Plant Biol. 53: 73-79.

Hirmer M. (1922). Zur Losung des Problems der Blattstellungen. G. Fisher, Jena.

Hofmeister W. (1868). Allgemeine Morphologie des Gewachse. Engelmann, Leipzig.

Hotton S, Johnson V, Wilbarger J, Zwieniecki K, Atela P, Golé C, Dumais J. (2006). The possible and the actual in phyllotaxis: Bridging the gap between empirical observations and iterative models. J Plant Growth Regul. 25: 313–323.

Jean RV. (1988). Phyllotactic pattern generation: a conceptual model. Ann Bot. 61: 293-303.

Jean RV. (1994). Phyllotaxis: A systemic study in plant morphogenesis. Cambridge: Cambridge University Press.

Jha RM, Bokhari SA, Wiesbeck W. (1993). A novel ray tracing on general paraboloids of revolution for UTD applications. IEEE Trans ant Prop. 41: 934-939.

Jönsson H, Heisler M, Shapiro B, Meyerowitz E, Mjolsness E. (2006). An auxin-driven polarized transport model for phyllotaxis. PNAS. 103: 1633–1638.

King S, Beck F, Lüttge U. (2004). On the mystery of the golden angle in phyllotaxis. Plant Cell Env. 27: 685-695.

Kirchoff BK. (1986). Inflorescence structure and development in the Zingiberales: Thalia geniculata (Marantaceae). Can J Bot. 64: 859-864.

Kirchoff BK and Rutishauser R. (1990). The phyllotaxy of Costus (Costaceae). Bot Gaz. 151: 88-105.

Kitazawa MS, Fujimoto K. (2015). A dynamical phyllotaxis model to determine floral organ number. PLOS Comput Biol. 2015; 11: e1004145.

Kitazawa MS, Fujimoto K. (2018). Spiral phyllotaxis underlies constrained variation in Anemone (Ranunculaceae) tepal arrangement. J Plant Res. 131: 459–468.

Kramer EM, Rutschow HL, Mabie SS. (2011). AuxV: a database of auxin transport velocities. Trends Plant Sci. 16: 461-463.

Levitov LS. (1991a). Phyllotaxis of flux lattices in layered superconductors. Phys Rev Lett. 66: 224–227.

Levitov LS. (1991b). Energetic approach to phyllotaxis. Europhys Lett. 14: 533-539.

Levitov LS. (1991c). Fibonacci numbers in botany and physics: Phyllotaxis. JETP Lett. 54: 546–550.

Maekawa F. (1948). Folia orixata, a new type of phyllotaxis and its significance to phyllotaxis evolution. Bot Mag Tokyo. 61: 7–10.

Martinez CC, Koenig D, Chitwood DH, Sinha NR. (2016). A sister of PIN1 gene in tomato (Solanum lycopersicum) defines leaf and flower organ initiation patterns by maintaining epidermal auxin flux. Dev Biol. 419: 85–98.

Medford JI, Behringer FJ, Callos JD, Feldmann KA. (1992). Normal and abnormal development in the Arabidopsis vegetative shoot apex. Plant Cell. 4: 631-643.

Meinhardt H. (1982). Models for biological pattern formation. London: Academic Press.

Mirabet V, Besnard F, Vernoux T, Boudaoud A. (2012). Noise and robustness in phyllotaxis. PLOS Comput Biol. 8: e1002389.

Mitchson G. (1977). Phyllotaxis and the Fibonacci series. Science. 196: 270–275.

Mitchson G. (1980). The dynamics of auxin transport. Phil Trans Roy B. 209: 489-511.

Nakai T. (1941). Notulæ ad plantas Asiæ orientalis (XVI). J Japanese Bot. 17: 189-210.

Newell AC, Shipman PD, Sun Z. (2008). Phyllotaxis: Cooperation and competition between mechanical and biochemical processes. J Theor Biol. 251: 421–439.

Niklas KJ. (1988). The role of phyllotactic pattern as a “developmental constraint” on the interception of light by leaf surfaces. Evolution. 42: 1-16.

Okabe T. (2016). The riddle of phyllotaxis exquisite control of divergence angle. Acta Soc Bot Pol. 85: 3527.

Pearcy RW, Yang W. (1998). The functional morphology of light capture and carbon gain in the Redwood forest understorey plant Adenocaulon bicolor Hook. Func Ecol. 12: 543-552.

Refahi Y, Brunoud G, Farcot E, Jean-Marie A, Pulkkinen M, Vernoux T, Godin, C. (2016). A stochastic multicellular model identifies biological watermarks from disorders in self-organized patterns of phyllotaxis. eLife. 5: e14093.

Reinhardt D, Mandel T, Kuhlemeier C. (2000). Auxin regulates the initiation and radial position of plant lateral organs. Plant Cell. 12: 507–518.

Reinhardt D, Pesce E, Stieger P, Mandel T, Baltensperger K, Bennett M, Traas J, Friml J, Kuhlemeier C. (2003). Regulation of phyllotaxis by polar auxin transport. Nature. 426: 255–260.

Richards FJ. (1951). Phyllotaxis: its quantitative expression and relation to growth in the apex. Phil Trans R Soc London B. 225: 509–564.

Roberts DW. (1977). A contact pressure model for semi-decussate and related phyllotaxis. J Theor Biol. 68: 583–597.

Rueda-Contreras MD, Romero-Arias JR, Aragón JL, Barrio RA. (2018). Curvature-driven spatial patterns in growing 3D domains: A mechanochemical model for phyllotaxis. PLoS ONE. 13: e0201746.

Rutishauser R. (1998). Chapter 8. Plastochron ratio and leaf arc as parameters of a quantitative phyllotaxis analysis in vascular plants. In: Jean RV and Barabé D, editor. Symmetry in Plants. World Scientific. 171-212.

Schüepp O. (1928). Untersuchungen und Konstruktionen zur Theorie der einfachen Spiralstellung. Jahrb Wiss Bot. 5:867-886.

Schumann K. (1892). Morphologische Studien. Engelmann, Leipzig.

Schumann K. (1902). Marantaceae. In: Engler A, editor. Das Pflanzenreich. Leipzig: Verlag von Wilhelm Engelmann; 11 Heft; IV, 48.

Schumann K. (1904). Zingiberaceae. In: Engler A, editor. Das Pflanzenreich. Leipzig: Verlag von Wilhelm Engelmann; 20 Heft; IV, 46.

Shinkle JR, Kadakia R, Jones AM. (1998). Dim-red-light-induced increase in polar auxin transport in cucumber seedlings: I. Development of altered capacity, velocity, and response to inhibitors. Plant Phys. 116: 1505-1513.

Shipman PD, Newell AC. (2004). Phyllotactic patterns on plants. Phys Rev Lett. 92: 168102.

Smith BW. (1941). The phyllotaxis of Costus from the standpoint of development. Proc Leeds Philos Lit Soc. (Sci Sec.) 4: 42-63.

Smith RS, Guyomarc’h S, Mandel T, Reinhardt D, Kuhlemeier C, Prusinkiewicz, P. (2006a). A plausible model of phyllotaxis. PNAS. 103: 1301–1306.

Smith RS, Khulemeier C, Prusinkiewicz P. (2006b) Inhibition fields for phyllotactic pattern formation: A simulation study. Can J Bot. 84: 1635–1639.

Snow M, Snow R. (1962). A theory of the regulation of phyllotaxis based on Lupinus albus. Phil Trans Roy B. 244: 483–513.

Snow R. (1952). On the shoot apex and phyllotaxis of Costus. New Phytol. 51: 359–363.

Snow R. (1958). Phyllotaxis of Kniphofia and Lilium candium. New Phytol. 57: 160–167.

Strauss S, Lempe J, Prusinkiewicz P, Tsiantis M, Smith RS. (2019). Phyllotaxis: is the golden angle optimal for light capture? New Phytol. 225: 499-510.

Thompson AM, Crants J, Schnable PS, Yu J, Timmermans MCP, Springer NM, Scanlon MJ, Muehlbauer GJ. (2014). Genetic control of maize shoot apical meristem architecture. G3. 4: 1327-1337.

Trichas G, Smith AM, White N, Wilkins V, Watanabe T, Moore A, Joyce B, Sugnaseelan J, Rodriguez TA, Kay D, Baker RE, Maini PK, Srinivas S. (2012). Multi-Cellular Rosettes in the Mouse Visceral Endoderm Facilitate the Ordered Migration of Anterior Visceral Endoderm Cells. PLOS Biol. 10: e1001256.

Troll W. (1937). Vergleichende Morphologie der höheren Pflanzen. Bd. 1: Vegetationsorgane. Berlin: Verlag von Gebrüder Borntraeger.

Turing A. (1952). The chemical basis of morphogenesis. Phil Trans Roy B. 237: 37–72.

Usugami H. (1964). Relationship between the flowering habit and the system of leaf emergence in tomato plants. Agr Hort. 39: 1281–1283.

von Veh R. (1931). Untersuchungen und Betrachtungen zum Blattstellungsproblem. Flora. 125:83-154.

Weigel D, Jürgens G. (2002). Stem cells that make stems. Nature 415: 751-754.

Weisse A. (1932). Zur Kenntnis der Blattstellungsverhaltnisse bei den Zingiberaceen. Ber Deutsch Bot Ges. 50: 327-366.

Wilkins MB, Cane AR. (1970). Auxin transport in roots: V. Effects of temperature on the movement of IAA in Zea roots. J Exp Bot. 21: 195-211.

Yamada H, Tanaka R, Nakagaki T. (2004). Sequences of symmetry-breaking in phyllotactic transitions. Bull Math Biol. 2004; 66: 779–789.

参考文献をもっと見る

全国の大学の
卒論・修論・学位論文

一発検索!

この論文の関連論文を見る