1 R. N. Perham, Annu. Rev. Biochem., 2000, 69, 961–1004.
2 G. G. Hammes, Biochemistry, 2002, 41, 8221–8228.
3 A. Ramanathan, A. Savol, V. Burger, C. S. Chennubhotla and P. K. Agarwal, Acc. Chem. Res., 2014, 47, 149–156.
4 D. E. Koshland Jr, Nat. Med., 1998, 4, 1112–1114.
5 M. J. McPherson, M. R. Parsons and C. M. Wilmot, Handbook of metalloproteins, John Wiley & Sons, Ltd, 2001, vol 2, 1245– 1257.
6 D. L. Wertz and J. P. Klinman, Handbook of metalloproteins, John Wiley & Sons, Ltd, 2001, vol 2, pp. 1258–1271.
7 T. Okajima and K. Tanizawa, Mechanism of TPQ Biogenesis in Prokaryotic Copper Amine Oxidase, CRC Press, Boca Raton, FL, 2009, 103–118.
8 M. R. Parsons, M. A. Convery, C. M. Wilmot, K. D. S. Yadav, V. Blakeley, A. S. Corner, S. E. V. Phillips, M. J. McPherson and P. F. Knowles, Structure, 1995, 3, 1171–1184.
9 V. Kumar, D. M. Dooley, H. C. Freeman, J. M. Guss, I. Harvey, M. A. McGuirl, M. C. J. Wilce and V. M. Zubak, Structure, 1996, 4, 943–955.
10 M. C. J. Wilce, D. M. Dooley, H. C. Freeman, J. M. Guss, H. Matsunami, W. S. McIntire, C. E. Ruggiero, K. Tanizawa and H. Yamaguchi, Biochemistry, 1997, 36, 16116–16133.
11 S. M. Janes, D. Mu, D. Wemmer, A. J. Smith, S. Kaur, D. Maltby, A. L. Burlingame and J. P. Klinman, Science, 1990, 248, 981–987.
12 S. Kishishita, T. Okajima, M. Kim, H. Yamaguchi, S. Hirota, S. Suzuki, S. Kuroda, K. Tanizawa and M. Mure, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 1041–1055.
13 R. Matsuzaki, T. Fukui, H. Sato, Y. Ozaki and K. Tanizawa, FEBS Lett., 1994, 351, 360–364.
14 T. Murakawa, A. Hamaguchi, S. Nakanishi, M. Kataoka, T. Nakai, Y. Kawano, H. Yamaguchi, H. Hayashi, K. Tanizawa and T. Okajima, J. Biol. Chem., 2015, 290, 23094–23109.
15 T. Murakawa, S. Baba, Y. Kawano, H. Hayashi, T. Yano, T. Kumasaka, M. Yamamoto, K. Tanizawa and T. Okajima, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2019, 116, 135–140.
16 T. Murakawa, T. Okajima, S. Kuroda, M. Taki, Y. Yamamoto, H. Hayashi and K. Tanizawa, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2006, 342, 414–423.
17 Y. C. Chiu, T. Okajima, T. Murakawa, M. Uchida, M. Taki, S. Hirota, M. Kim, H. Yamaguchi, Y. Kawano, N. Kamiya, S. Kuroda, H. Hayashi, Y. Yamamoto and K. Tanizawa, Biochemistry, 2006, 45, 4105–4120.
18 B. Schwartz, E. L. Green, J. Sanders-Loehr and J. P. Klinman, Biochemistry, 1998, 37, 16591–16600.
19 T. Murakawa, H. Hayashi, T. Sunami, K. Kurihara, T. Tamada, R. Kuroki, M. Suzuki, K. Tanizawa and T. Okajima, Acta Crystallogr. D, 2013, 69, 2483–2494.
20 H. Matsunami, T. Okajima, S. Hirota, H. Yamaguchi, H. Hori, S. Kuroda and K. Tanizawa, Biochemistry, 2004, 43, 2178–2187.
21 R. H. Moore, M. A. Spies, M. B. Culpepper, T. Murakawa, S. Hirota, T. Okajima, K. Tanizawa and M. Mure, J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, 11524–11534.
22 L. Rongbao, J. P. Klinman and F. S. Mathews, Structure, 1998, 6, 293–307.
23 M. Mure, Acc. Chem. Res., 2004, 37, 131–139.
24 J. Finney, H.-J. Moon, T. Ronnebaum, M. Lantz and M. Mure, Arch. Biochem. Biophys., 2014, 546, 19–32.
25 B. J. Johnson, E. T. Yukl, V. J. Klema, J. P. Klinman and C. M. Wilmot, J. Biochem., 2013, 288, 28409–28417.
26 A. Mukherjee, V. V. Smirnov, M. P. Lanci, D. E. Brown, E. M. Shepard, D. M. Dooley and J. P. Roth, J. Am. Chem. Sci., 2008, 130, 9459–9473.
27 E. M. Shepard, K. M. Okonski and D. M. Dooley, Biochemistry, 2008, 47, 13907–13920.
28 V. J. Klema and C. M. Wilmot, Int. J. Mol. Sci., 2012, 13, 5375–5405.
29 A. G. W. Leslie, Joint CCP4 EESF-EACMB Newsletter on Protein Crystallography, SERC Daresbury Laboratory, 1992.
30 M. D. Winn, C. C. Ballard, K. D. Cowtan, E. J. Dodson, P. Emsley, P. R. Evans, R. M. Keegan, E. B. Krissinel, A. G. W. Leslie, A. McCoy, S. J. Mc-Nicholas, G. N. Murshudov, N. S. Pannu, E. A. Potterton, H. R. Powell, R. J. Read, A. Vagin and K. S. Wilson, Acta Crystallogr. D, 2011, 67, 235–242.
31 A. J. McCoy, R. W. Grosse-Kunstleve, P. D. Adams, M. D. Winn, L. C. Storoni and R. J. Read, J. Appl. Crystallogr., 2007, 40, 658–674. I. P. D. Adams, P. V. Afonine, G. Bunk´oczi, V. B. Chen, W. Davis, N. Echols, J. J. Headd, L.-W. Hung, G. J. Kapral, R. W. Grosse-Kunstleve, A. J. McCoy, N. W. Moriarty, R. Oeffner, R. J. Read, D. C. Richardson, J. S. Richardson, T. C. Terwilliger and P. H. Zwart, Acta Crystallogr. D, 2010, 66, 213–221.
32 P. Emsley, B. Lohkamp, W. G. Scott and K. Cowtan, Acta Crystallogr. D, 2010, 66, 486–501. Chemical Science Edge Article
33 V. B. Chen, W. B. Arendall, J. J. Headd, D. A. Keedy, R. M. Immormino, G. J. Kapral, L. W. Murray, J. S. Richardson and D. C. Richardson, Acta Crystallogr. D, 2010, 66, 12–21.
34 T. Murakawa, K. Kurihara, M. Shoji, C. Shibazaki, T. Sunami, T. Tamada, N. Yano, T. Yamada, K. Kusaka, M. Suzuki, Y. Shigeta, R. Kuroki, H. Hayashi, T. Yano, K. Tanizawa, M. Adachi and T. Okajima, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2020, 117, 10818–10824.
35 J. Wang, P. Cieplak and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 2000, 21, 1049–1074.
36 S. Grimme, S. Antony, S. Ehrlich and H. Krieg, J. Chem. Phys., 2010, 132, 154104.
37 P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys., 1985, 82, 270.
38 W. R. Wadt and P. J. Hay, J. Chem. Phys., 1985, 82, 284.
39 P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys., 1985, 82, 299.
40 M. Shoji, T. Murakawa, M. Boero, Y. Shigeta, H. Hayashi and T. Okajima, RSC Adv., 2020, 10, 38631–38639.
41 M. Shoji, Y. Abe, M. Boero, Y. Shigeta and Y. Nishiya, Phys. Chem. Chem. Phys., 2020, 22, 16552–16561.
42 S. Yamasaki, M. Shoji, M. Kayanuma, Y. Sladek, D. K. Inaoka, Y. Matsuo, T. Shiba, L. Young, A. L. Moore, K. Kita and Y. Shigeta, Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg., 2021, 1862, 148356–148359.
43 M. Shoji, N. Watanabe, Y. Hori, K. Furuya, M. Umemura, M. Boero and Y. Shigeta, Astrobiology, 2022, 22, 1129–1142. 45 G. Henkelman and H. J´onsson, J. Chem. Phys., 2000, 113, 9901–9904.
46 G. Henkelman and H. J´onsson, J. Chem. Phys., 2000, 113, 9978–9985.
47 R. Elber and M. Karplus, Chem. Phys. Lett., 1987, 139, 375–380.
48 M. Valiev, E. J. Bylaska, N. Govind, K. Kowaiski, T. P. Straatsma, H. J. J. van Dam, D. Wang, J. Nieplocha, E. Apra, T. L. Windus and W. A. de Jong, Comput. Phys. Commun., 2010, 181, 1477.
49 W. Humphery, A. Dalke and K. Schulten, J. Mol. Graphics, 1996, 14, 33–38.
50 M. Mure and J. P. Klinman, J. Am. Chem. Soc., 1993, 115, 7117–7127.
51 A. Bellelli, L. Morpurgo, B. Mondovi and E. Agostinelli, Eur. J. Biochem., 2010, 267, 3264–3269.
52 S. A. Mills, Y. Goto, Q. Su, J. Plastino and J. Klinman, Biochemistry, 2002, 41, 10577–10584.
53 C. M. Chang, V. J. Klema, B. J. Johnson, M. Mure, J. P. Klinman and C. M. Wilmot, Biochemistry, 2010, 49, 2540–2550.
54 S. A. Mills, D. E. Brown, K. Dang, D. Sommer, A. Bitsimis, J. Ngugen and D. M. Dooley, J. Biol. Inorg Chem., 2012, 17, 507–515.
55 M. A. Smith, P. Pirrat, A. R. Pearson, C. R. P. Kurtis, C. H. Trinh, T. G. Gaule, P. F. Knowles, S. E. V. Philips and M. J. McPherson, Biochemistry, 2010, 49, 1268–1280.
56 R. H. Bisby, S. A. Johnson, A. W. Parker and S. M. Tavender, Laser Chem., 1999, 19, 201–208.
57 P. N. Turowski, M. A. McGuirl and D. M. Dooley, J. Biol. Chem., 1992, 268, 17680–17682.
58 J. W. Setser, J. R. Heemstra Jr, C. T. Walsh and C. L. Drennan, Biochemistry, 2014, 53, 6063–6077.
59 L. Qin, J. Liu, D. A. Mills, D. A. Proshlyakov, C. Hiser and S. Ferguson-Miller, Biochemistry, 2009, 48, 5121–5130.
60 H. S. Toogood, D. Leys and N. S. Scrutton, FEBS J., 2007, 274, 5481–5504.