リケラボ論文検索は、全国の大学リポジトリにある学位論文・教授論文を一括検索できる論文検索サービスです。

リケラボ 全国の大学リポジトリにある学位論文・教授論文を一括検索するならリケラボ論文検索大学・研究所にある論文を検索できる

リケラボ 全国の大学リポジトリにある学位論文・教授論文を一括検索するならリケラボ論文検索大学・研究所にある論文を検索できる

大学・研究所にある論文を検索できる 「マイクロサテライト遺伝子座を利用した日本産ハーバーシールの個体識別法」の論文概要。リケラボ論文検索は、全国の大学リポジトリにある学位論文・教授論文を一括検索できる論文検索サービスです。

コピーが完了しました

URLをコピーしました

論文の公開元へ論文の公開元へ
書き出し

マイクロサテライト遺伝子座を利用した日本産ハーバーシールの個体識別法

水野 米利子 小林 万里 佐々木 剛 東京農業大学

2020.07.31

概要

近年では,糞,毛,羽などから遺伝情報が得られるようになり,銃やボーガンを使用して,遠距離から非直接的なサンプルが取れるようにもなった。しかし,このようなサンプルは,同一個体から複数回サンプリングしてしまう可能性があるため,遺伝子による個体識別が必要不可欠である。遺伝子を利用した個体識別は,一般的に複数のマイクロサテライト遺伝子座を使って行われる。個体識別に必要な遺伝子座とその数は,事前に既知のデータから遺伝子座ごとに重複率(PID : probability of identity)PID(obs)を算出して決定しておくことが望ましい。しかし,サンプル数が多く手に入らない場合,得られたサンプルの範囲内で予測値を推定する方法がある。PID の予測値には,ハーディー・ワインベルグ平衡下の集団で血縁のない個体間の重複率(PID(theo))と,兄弟関係にある個体間の重複率(PID(sib))があり,実際の集団の重複率は,PID(theo)を下限,PID(sib)を上限と 2 つの予測値の間に位置するため,多くの動物では,PID(sib)の利用が推奨されている。本研究では,先行研究で集団が分かれることが示唆されているえりもと道東のハーバーシール 2 集団で,別個体と判明しているサンプルを基に PID(obs)と,2 つの予測値を比較し,個体識別に必要な遺伝子座および遺伝子座数,予測値を算出するのに必要なサンプル数を決定した。その結果,日本のハーバーシールの PID(obs)は,PID(theo)とほぼ同等の値であり,4 遺伝子座の使用で個体識別が可能であることを示した。一方で,個体識別に適した遺伝子座は,えりもと道東で異なった。さらに,日本のハーバーシールでは,20 サンプルから PID(theo)を算出すれば,個体識別に有用な遺伝子座数の決定が行えることが示唆された。

参考文献

1) 上田恵介,樋口広芳(1988)個体識別による鳥類の野外調査─その意義と方法─.Strix. 7:1-34.

2) 井上英治,中川尚史,南正人(2013)野生動物の行動観察法.東京大学出版,東京都.

3) 増田隆一(2017)哺乳類の生物地理学.東京大学出版,東京.

4) KALZ B, JEWgENOW K, FICKEL J (2006) Structure of an otter (Lutra lutra) population in Germany─ results of DNA and hormone analyses from faecal samples. Mamm Biol- Zeitschrift für Säugetierkd. 71 : 321-335.

5) PIggOTT M P, BANKS S C, STONE N, BANFFY C, TAYLOR A C (2005) Estimating population size of endangered brush- tailed rock-wallaby (Petrogale penicillata) colonies using faecal DNA. Mol Ecol. 15 : 81-91.

6) MURPHY M A, WAITS L P, KENDALL K C, WASSER S K, HIgBEE J A, BOgDEN R (2002) An evaluation of long-term preserva- tion methods for brown bear (Ursus arctos) faecal DNA samples. Conserv Genet. 3 : 435-440.

7) YANNIC G, SERMIER R, AEBISCHER A, GAVRILO M V, GIRg O, MILjETEIg C, et al. (2011) Description of microsatellite markers and genotyping performances using feathers and buccal swabs for the Ivory gull (Pagophila eburnea). Mol Ecol Resour. 11 : 877-889.

8) VERgARA M, RUIZ-GONZÁLEZ A, LÓPEZ DE LUZURIAgA J, GÓMEZ-MOLINER B J (2014) Individual identification and distribution assessment of otters (Lutra lutra) through non-invasive genetic sampling: Recovery of an endangered species in the Basque Country (Northern Spain). Mamm Biol. 79 : 259-267.

9) TABERLET P, LUIKART G (1999) Non-invasive genetic sampling and individual identification. Biol J Linn Soc. 68 : 41-55.

10) REED J Z, TOLLIT D J, THOMPSON P M, AMOS W (1997) Molec-ular scatology : the use of molecular genetic analysis to assign species, sex and individual identity to seal faeces. Mol Ecol. 6 : 225-234.

11) MILLS L S, CITTA J J, LAIR K P, SCHWARTZ M K, TALLMON D A(2000) Estimating animal abundance using noninvasive DNA sampling : promise and pitfalls. Ecol Appl. 10 : 283- 294.

12) WAITS L P, LUIKART G, TABERLET P (2001) Estimating the probability of identity among genotypes in natural popula- tions : cautions and guidelines. Mol Ecol. 10 : 249-256.

13) WAITS L P, PAETKAU D (2005) Noninvasive genetic sampling tools for wildlife biologists: a review of applications and recommendations for accurate data collection. J Wildl Manage. 69 : 1419-1433.

14) PAETKAU D (2003) An empirical exploration of data quality in DNA-based population inventories. Mol Ecol. 12 : 1375-1387

15) PAETKAU D, STROBECK C (1994) Microsatellite analysis of genetic variation in black bear populations. Mol Ecol. 3 : 489-495.

16) HANOTTE O, BURKE T, ARMOUR J A L, JEFFREYS A J (1991) Hypervariable minisatellite DNA sequences in the Indian peafowl Pavo cristatus. Genomics. 9 : 587-597.

17) DONNELLY P (1995) Nonindependence of matches at different loci in DNA profiles : quantifying the effect of close relatives on the match probability. Heredity (Edinb). 75 : 26-34.

18) EVETT I W, WEIR B S (1998) Interpreting DNA evidence : statistical genetics for forensic scientists. Sinauer Associ- ates Inc, Sinauer, Sunderland, MA.

19) AZIZ M A, TOLLINgTON S, BARLOW A, GREENWOOD C, GOODRICH J M, SMITH O, et al. (2017) Using non-invasively collected genetic data to estimate density and population size of tigers in the Bangladesh Sundarbans. Glob Ecol Conserv. 12 : 272-282.

20) FRANTZ A C, POPE L C, CARPENTER P J, ROPER T J, WILSON G J, DELAHAY R J, et al. (2003) Reliable microsatellite genotyping of the Eurasian badger (Meles meles) using faecal DNA. Mol Ecol. 12 : 1649-1661.

21) MORIN D J, WAITS L P, MCNITT D C, KELLY M J (2018) Efficient single-survey estimation of carnivore density using fecal DNA and spatial capture-recapture : a bobcat case study. Popul Ecol. 60 : 197-209.

22) NAKAgAWA E, KOBAYASHI M, SUZUKI M, TSUBOTA T (2010) Genetic variation in the harbor seal (Phoca vitulina) and spotted seal (Phoca largha) around Hokkaido, Japan, based on mitochondrial cytochrome b sequences. Zoolog Sci. 27 : 263-268.

23) BIgg M (1981) “Harbour seal.” Handbook of Marine Mammals (vol 2). 1st ed. Academic Press, London, pp. 1-28.

24) KINg J E (1983) Seals of the world. Oxford University Press, London.

25) JEFFERSON T A, LEATHERWOOD S, WEBBER M A (1993) FAO species identification guide. Marine mammals of the world. United Nations Environment programme food and agri- culture organization of the United Nations, Rome.

26) THOMPSON P M, MACKAY A, TOLLIT D J, ENDERBY S, HAMMOND P S (1998) The influence of body size and sex on the char- acteristics of harbour seal foraging trips. Can J Zool. 76 : 1044-1053.

27) 新妻昭夫(1986)“ゼニガタアザラシの社会生態と繁殖戦略”ゼニガタアザラシの生態と保護.東京大学出版,東京,pp. 59-102.

28) ITOO T, SHUKUNOBE K (1986) “Number and present status of the the Kuril seal.” Ecology and Conservaion of Kuri seal (Zenigata azarashi no seitai to hogo). 1st ed. Tokai University Publisher, Tokyo, pp. 18-58.

29) Ministry of the Environment (Japan) (2016) Erimo area Kuril harbor seal specified rare wildlife Management plan.

30) MASUBUCHI T, OHYAMA N, AIZAKI S, OKADA K, OHNO K, ISHIKAWA A, et al. (2017) Evaluation of the damage to the salmon set trap fishery for salmon by Kuril harbor seals in Cape Erimo, Hokkaido, Japan─ first study using both seals behavior and the number of damage─. Wildl Hum Soc. 4 : 19-27.

31) KOBAYASHI M, ISHINAZAKA T, KAKUMOTO C, WAKATABE H, KOBAYASHI Y, SHIMIZU A (2002) Survey of the number of seals incidentally caught by salmon trap nets along the coastal waters of the Nossapu Cap in Nemuro Peninsula from 2002 to 2003 compared with the survey from 1982 to 1983. Mammal Study. 47 : 207-214.

32) 北海道地方環境事務所(2018)平成 30 年度環境省えりも地域ゼニガタアザラシ管理事業実施計画.

33) GREEN M R, SAMBROOK J (2012) Molecular Cloning : A Labo- ratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.

34) MIZUNO M, SASAKI T, KOBAYASHI M, HANEDA T, MASUBUCHI T (2018) Mitochondrial DNA reveals secondary contact in Japanese harbour seals, the southernmost population in the western Pacific. PLoS One. 13 : e0191329.

35) COLTMAN D W, BOWEN W D, WRIgHT J M (1996) PCR primers for harbour seal (Phoca vitulina concolour) microsatellites amplify polymorphic loci in other pinniped species. Mol Ecol. 5 : 161-3.

36) GOODMAN S J (1997) Dinucleotide repeat polymorphisms at seven anonymous microsatellite loci cloned from the European Harbour Seal (Phoca vitulina). Anim Genet. 28 : 310-311.

37) GEMMELL N J, ALLEN P J, GOODMAN S J, REED J Z (1997) Inter-specific microsatellite markers for the study of pinniped populations. Mol Ecol. 6 : 661-666.

38) ALLEN P J, AMOS W, POMEROY P P, TWISS S D (1995) Micro-satellite variation in grey seals (Halichoerus grypus) shows evidence of genetic differentiation between two British breeding colonies. Mol Ecol. 4 : 653-662.

39) VAN OOSTERHOUT C, HUTCHINSON W F, WILLS D P M, SHIPLEY P (2004) Micro-checker : software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data. Mol Ecol Notes. 4 : 535-538.

40) RAYMOND M, ROUSSET F (1995) GENEPOP (Version 1.2) : Population genetics software for exact tests and ecumeni- cism. J Hered. 86 : 248-249.

41) R CORE TEAM (2019) R : A language and environment for statistical computing.

42) RICE W R (1989) Analyzing tables of statistical tests. Evolution. 43 : 223.

43) OISHI T, URAgUCHI K, MASUDA R (2010) Non-invasive genetic identification of the red fox Vulpes vulpes in the Shiretoko National Park, eastern Hokkaido, Japan. Mammal Study. 35 : 201-207.

44) WOODS J G, PAETKAU D, LEWIS D, MCLELLAN B N, PROCTOR M, STROBECK C (1999) Genetic tagging of free-ranging black and brown bears. Wildlife Society Bulletin. pp. 616-627.

参考文献をもっと見る

全国の大学の
卒論・修論・学位論文

一発検索!

この論文の関連論文を見る