Comparison of the multigene panel test and OncoScan™ for　the determination of HER2 amplification in breast cancer

概要

[目的(Purpose)]
乳癌でのHER2コピー数增幅判定における多遺伝子パネル(multi gene panel;MPT)とOncoScan™の精度については依然議論されている。また、コピー数解析をはじめとするゲノム解析には高い腫瘍含有率が必要とされ、腫瘍含有率の低い検体に対するコピー数解析については方法が確立していない。

これらを明らかにするために、まず、MPTとOncoScan™でコビー数解析を行い、HER2遺伝子について臨床的検査結果 (FISH)と比較した。また、腫瘍含有率の低い検体に対して、濃縮分離を行った場合のコピー数解析に与える影響を検討した。

〔方法ならびに成績(Method s/Results)]
本研究では45の乳癌症例のFFPE検体でHER2コピー数をMPTおよびOncoScan™の両方で測定し、FISHの結果と比較することで両者の精度を検討した。腫瘍含有率の低い検体については、FACS (fluorescence-activated cell sorting)で腫瘍部分を濃縮分離した。

HER2遺伝子のコピー数について、MPTとOncoScan™でFISHとの一致率を検証したところ、MPTとFISHでは相関係数 0. 770 (P<0. 001, Pearson, s correlation coefficient)、OncoScan™ と FISH では相関係数 0.564 (P<0. 001,Pearson,s correlation coefficient)と、前者のほうが有意に高い結果(P=0. 022, William, s test)となった。ASC0/CAP2018 の 基準に基づく臨床的なHER2遺伝子の判定結果との一致率は、MPTで93.3%、OncoScan™で84. 4%と、MPTで高い結果となった。腫瘍含有率別でみると、低胍瘍含有率群ではMPTでOncoScan™よりも高い感度(83. 3 vs. 33. 3%>を示す一方、髙腫瘍含有率群では両者の差は小さい(81.8 vs. 72. 7%)結果となった。コピー数増幅を髙頻度に認めた上位4遺伝子（HER2、MYC、FGFR1、GATA3）についてその頻度を腫瘍含有率別に比較したところ、髙腫瘍含有率群ではMPTとOncoScan™で遺伝子増幅の検出率に差はなく、低腫瘍含有率群ではMPTのほうが高い検出率を示した。低腫瘍含有率の検体では OncoScan™でのコピー数増幅の検出率は低かったが、FACSによる腫瘍濃縮分離により、検出率が改善する傾向がみられた。MPTでは低腫瘍含有率の検体でもコピー数解析が可能であった。

〔総括(Conclusion)]
MPTは低腫瘍含有率の検体でもコピー数解析が可能な優れた方法である。また、FACSによる腫瘍濃縮分離により、従来 OncoScan™では解析困難であった低腫瘍含有率の検体でもコピー数解析が可能となった。